154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1400 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  66.53 
 
 
540 aa  672    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  100 
 
 
498 aa  990    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  66.53 
 
 
540 aa  676    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  97.79 
 
 
498 aa  980    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  52.55 
 
 
514 aa  528  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  52.34 
 
 
500 aa  528  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  52.34 
 
 
500 aa  528  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  52.34 
 
 
514 aa  528  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  52.34 
 
 
500 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  51.53 
 
 
514 aa  521  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  52.48 
 
 
489 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  51.73 
 
 
500 aa  520  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  51.53 
 
 
500 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  51.53 
 
 
500 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  51.53 
 
 
500 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  51.53 
 
 
500 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  51.43 
 
 
493 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  48.64 
 
 
507 aa  447  1.0000000000000001e-124  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  41.9 
 
 
502 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  40.28 
 
 
501 aa  390  1e-107  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  38.18 
 
 
497 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  27.09 
 
 
489 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  27.91 
 
 
495 aa  154  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  26.79 
 
 
489 aa  151  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  27.71 
 
 
495 aa  150  6e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  24.46 
 
 
477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  27.89 
 
 
496 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  26.75 
 
 
496 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  22.97 
 
 
496 aa  126  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0141312 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  23.52 
 
 
477 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  23.52 
 
 
477 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  23.52 
 
 
477 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  23.52 
 
 
477 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  23.52 
 
 
477 aa  124  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  23.52 
 
 
477 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  23.52 
 
 
477 aa  124  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  25.12 
 
 
473 aa  120  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  25.12 
 
 
473 aa  120  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  25.12 
 
 
473 aa  120  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  25.12 
 
 
473 aa  120  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  25.12 
 
 
473 aa  120  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  25.6 
 
 
476 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  24.88 
 
 
540 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  24.88 
 
 
540 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  24.88 
 
 
476 aa  114  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  24.88 
 
 
476 aa  114  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  24.88 
 
 
476 aa  114  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  24.88 
 
 
476 aa  114  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  24.88 
 
 
476 aa  114  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  24.65 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  23.83 
 
 
516 aa  107  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  24.19 
 
 
480 aa  98.6  2e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4690  amino acid permease family protein  41.94 
 
 
104 aa  86.7  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.674881  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  26.2 
 
 
472 aa  85.9  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  25.97 
 
 
472 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  21.92 
 
 
472 aa  82  0.00000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  21.96 
 
 
480 aa  80.1  0.00000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  24.1 
 
 
473 aa  79.7  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  22.37 
 
 
492 aa  78.2  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  23.52 
 
 
475 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1412  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  22.37 
 
 
503 aa  73.9  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0796975  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  24.21 
 
 
475 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  22.35 
 
 
464 aa  70.5  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  24.28 
 
 
485 aa  66.6  0.0000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  24.44 
 
 
464 aa  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  24.44 
 
 
464 aa  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0488  amino acid antiporter  24.04 
 
 
466 aa  64.3  0.000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.557891  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1121  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 
490 aa  63.9  0.000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0304101  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  23.99 
 
 
485 aa  62.8  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  24.41 
 
 
474 aa  60.8  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  23.18 
 
 
476 aa  60.5  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  23.18 
 
 
470 aa  60.5  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  21.45 
 
 
495 aa  60.1  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  22.89 
 
 
467 aa  58.9  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  22.89 
 
 
467 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0388  putative amino acid permease  23.53 
 
 
467 aa  57.8  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  23 
 
 
497 aa  57.8  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  22.92 
 
 
473 aa  57.4  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  20.34 
 
 
511 aa  57  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  20.34 
 
 
511 aa  57  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  20.25 
 
 
511 aa  57  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  20.34 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  20.34 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  20.34 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  22.92 
 
 
473 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  20.34 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  20.34 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  23.16 
 
 
481 aa  56.6  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  20.34 
 
 
511 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  25.61 
 
 
474 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  25.87 
 
 
499 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  25.61 
 
 
474 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0544  ethanolamine transproter  23.64 
 
 
482 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0596  ethanolamine transproter  23.18 
 
 
482 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0583  ethanolamine transproter  23.64 
 
 
482 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.48 
 
 
511 aa  53.5  0.000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0589  ethanolamine transproter  23.18 
 
 
482 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360598  normal  0.279879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  22.05 
 
 
473 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  21.01 
 
 
506 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  22.05 
 
 
473 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>