More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1012 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  96.73 
 
 		 489 aa  926    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  100 
 
 		 489 aa  974    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  35.48 
 
 		 495 aa  267  4e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  35.24 
 
 		 495 aa  264  2e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  26.17 
 
 		 476 aa  190  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  26.17 
 
 		 476 aa  190  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  26.17 
 
 		 476 aa  190  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  26.17 
 
 		 476 aa  190  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  26.17 
 
 		 476 aa  190  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  26.17 
 
 		 476 aa  190  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  26.17 
 
 		 540 aa  189  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  26.17 
 
 		 540 aa  189  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  25.53 
 
 		 473 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  25.53 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  25.53 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  25.53 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  28.09 
 
 		 496 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  25.53 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  27.85 
 
 		 496 aa  187  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  27.73 
 
 		 477 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  26.13 
 
 		 496 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  28.07 
 
 		 516 aa  175  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  26.54 
 
 		 477 aa  173  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 477 aa  173  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  26.54 
 
 		 477 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  26.65 
 
 		 477 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  26.54 
 
 		 477 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  26.54 
 
 		 477 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  27.6 
 
 		 498 aa  158  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  29.04 
 
 		 502 aa  157  4e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 		 514 aa  156  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  25.54 
 
 		 500 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  25.86 
 
 		 500 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  27.09 
 
 		 498 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  25.86 
 
 		 514 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  25.86 
 
 		 500 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  25.6 
 
 		 514 aa  154  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  26.03 
 
 		 489 aa  154  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  26.01 
 
 		 500 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  27.79 
 
 		 507 aa  152  2e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  25.82 
 
 		 492 aa  152  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  26.83 
 
 		 540 aa  151  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  27.03 
 
 		 540 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  25.75 
 
 		 501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  24.79 
 
 		 497 aa  145  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  25.5 
 
 		 500 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  25.6 
 
 		 500 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  25.6 
 
 		 500 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  25.6 
 
 		 500 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  24.53 
 
 		 480 aa  138  2e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  28.67 
 
 		 476 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  25.3 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  25.43 
 
 		 495 aa  113  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  27.06 
 
 		 480 aa  110  6e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  25.59 
 
 		 464 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  25.59 
 
 		 464 aa  107  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  27.22 
 
 		 473 aa  107  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  26.96 
 
 		 473 aa  106  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  25.31 
 
 		 473 aa  104  4e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  27.03 
 
 		 472 aa  101  3e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  23.95 
 
 		 474 aa  100  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  23.95 
 
 		 474 aa  100  7e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  24.01 
 
 		 470 aa  99  2e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  24.01 
 
 		 476 aa  99  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  25.75 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  21.43 
 
 		 494 aa  97.4  5e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  24.81 
 
 		 472 aa  94.7  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  24.55 
 
 		 472 aa  92.4  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.12 
 
 		 494 aa  92.4  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6600  amino acid permease-associated region  24.73 
 
 		 490 aa  92  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1412  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  25.66 
 
 		 503 aa  90.5  6e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0796975  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  24.66 
 
 		 506 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  22.77 
 
 		 474 aa  88.6  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  22.82 
 
 		 497 aa  88.2  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  23.69 
 
 		 475 aa  88.2  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2342  amino acid permease-associated region  23.35 
 
 		 508 aa  88.2  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0123104  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3446  amino acid permease-associated region  26.02 
 
 		 455 aa  87.4  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  24.68 
 
 		 506 aa  87.4  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.89 
 
 		 511 aa  87  7e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  25.06 
 
 		 464 aa  85.5  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  22.31 
 
 		 499 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0388  putative amino acid permease  25.84 
 
 		 467 aa  84.3  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  22.47 
 
 		 475 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0677  amino acid permease-associated region  23.73 
 
 		 500 aa  82.8  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.148387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  23.37 
 
 		 500 aa  82.4  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4375  amino acid permease-associated region  23.26 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  24.87 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  24.87 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  24.87 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  24.87 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  24.49 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>