More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4729 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A2736  PrnD  90.81 
 
 
370 aa  710    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1118  PrnD  93.35 
 
 
346 aa  680    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6709  Rieske (2Fe-2S) protein  91.14 
 
 
373 aa  692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6986  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  88.86 
 
 
374 aa  681    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.529476  normal  0.476808 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5267  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  97.3 
 
 
370 aa  753    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4729  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
370 aa  772    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2888  PrnD  90.54 
 
 
370 aa  709    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.942193  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  37.87 
 
 
352 aa  235  9e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  37.09 
 
 
356 aa  204  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  31.64 
 
 
376 aa  196  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.73 
 
 
358 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  33.16 
 
 
367 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.37 
 
 
338 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  30.59 
 
 
345 aa  102  9e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  31.25 
 
 
334 aa  100  5e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.33 
 
 
367 aa  99.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2053  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.23 
 
 
398 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216867  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.93 
 
 
364 aa  96.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.95 
 
 
337 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.46 
 
 
341 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  34.62 
 
 
348 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2869  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.16 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455502  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3307  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.79 
 
 
357 aa  92.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000352846 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30.29 
 
 
388 aa  90.9  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1530  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.05 
 
 
450 aa  89.7  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1557  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.05 
 
 
450 aa  89.7  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0276963  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1261  hypothetical protein  27.24 
 
 
340 aa  89.4  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  34.48 
 
 
341 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5211  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.01 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.220934 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1448  Rieske (2Fe-2S) protein  26.73 
 
 
359 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2516  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.09 
 
 
326 aa  88.6  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00793645  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.79 
 
 
352 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2753  Rieske (2Fe-2S) region  25.47 
 
 
342 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.915347 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.73 
 
 
373 aa  86.7  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3784  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.17 
 
 
342 aa  86.3  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.93 
 
 
352 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  35.93 
 
 
352 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.93 
 
 
352 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  26.86 
 
 
358 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  30.98 
 
 
377 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.07 
 
 
324 aa  85.5  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2500  Rieske (2Fe-2S) region  30.28 
 
 
359 aa  84.7  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.455012 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2121  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.42 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.312892  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13559  oxidoreductase  24.58 
 
 
386 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000136875 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.72 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2825  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  34.3 
 
 
358 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000971916  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.74 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1576  Rieske (2Fe-2S) region  24.93 
 
 
358 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.221742  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1829  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.63 
 
 
365 aa  84  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.745414  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0287  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.02 
 
 
378 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.831286  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0296  Rieske (2Fe-2S) region  24.02 
 
 
378 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.317274  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.14 
 
 
359 aa  83.2  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0306  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.02 
 
 
378 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3509  Rieske (2Fe-2S) domain protein  23.6 
 
 
386 aa  82.8  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119894  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3649  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.21 
 
 
362 aa  82.4  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1535  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.24 
 
 
331 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3574  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.68 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1546  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.21 
 
 
360 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.675385  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5022  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.67 
 
 
385 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4728  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.67 
 
 
385 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3642  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.68 
 
 
341 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.55041  normal  0.365786 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3569  Rieske (2Fe-2S) region  25.68 
 
 
341 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4640  Rieske (2Fe-2S) region  23.67 
 
 
385 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  27.53 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4566  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.64 
 
 
386 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0832436  normal  0.12498 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4516  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.12 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.11 
 
 
377 aa  79  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0627264  normal  0.0375363 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1533  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.15 
 
 
383 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5225  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.22 
 
 
384 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.532387  normal  0.253584 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2518  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.71 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.75 
 
 
352 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0630  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  25.44 
 
 
330 aa  78.2  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  30.54 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4333  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.23 
 
 
338 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  27.22 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3849  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  24.59 
 
 
393 aa  77.4  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.55 
 
 
357 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0741  Rieske (2Fe-2S) protein  31.33 
 
 
382 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0606248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.41 
 
 
433 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.75 
 
 
343 aa  77  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  27.17 
 
 
359 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  29.59 
 
 
362 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.69 
 
 
332 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  29.07 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.87 
 
 
347 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1781  cell death suppressor protein Lls1-like  31.36 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.527136  normal  0.0843855 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  29.82 
 
 
347 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  28.92 
 
 
347 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  27.57 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  25.7 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  29.69 
 
 
351 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.93 
 
 
362 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0547  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.84 
 
 
324 aa  75.9  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000394367  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2880  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.79 
 
 
377 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150338  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  32.04 
 
 
437 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.13 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  27.27 
 
 
353 aa  75.1  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  28.92 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0864  cell death suppressor protein Lls1-like  28.41 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.658605  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  29.59 
 
 
356 aa  74.3  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>