More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2581 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.39 
 
 
463 aa  734    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  97.84 
 
 
463 aa  856    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  85.75 
 
 
463 aa  726    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  87.26 
 
 
463 aa  764    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.83 
 
 
463 aa  757    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
463 aa  913    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  71.86 
 
 
463 aa  630  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71 
 
 
464 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  87.34 
 
 
480 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.7 
 
 
466 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.63 
 
 
477 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.23 
 
 
465 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.63 
 
 
465 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.01 
 
 
498 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.12 
 
 
483 aa  434  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54 
 
 
479 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  56.49 
 
 
482 aa  425  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.93 
 
 
465 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.01 
 
 
466 aa  382  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.55 
 
 
463 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.93 
 
 
464 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.81 
 
 
458 aa  347  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  257  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  256  7e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  256  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.68 
 
 
472 aa  256  8e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  42.95 
 
 
472 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.57 
 
 
465 aa  239  5.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.13 
 
 
487 aa  238  1e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.23 
 
 
448 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.48 
 
 
469 aa  226  9e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.66 
 
 
477 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.05 
 
 
462 aa  221  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  41.53 
 
 
482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.1 
 
 
469 aa  213  4.9999999999999996e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
451 aa  212  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  40.26 
 
 
463 aa  194  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.98 
 
 
448 aa  190  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  40.41 
 
 
416 aa  187  4e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.33 
 
 
478 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.36 
 
 
528 aa  177  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.84 
 
 
462 aa  169  7e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 
584 aa  147  3e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  26.92 
 
 
539 aa  145  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  26.63 
 
 
549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  26.99 
 
 
570 aa  125  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.86 
 
 
403 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.98 
 
 
415 aa  113  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  39.2 
 
 
395 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.71 
 
 
389 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.16 
 
 
399 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 
383 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.34 
 
 
383 aa  107  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
403 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.39 
 
 
388 aa  107  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.9 
 
 
384 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.61 
 
 
398 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  31.48 
 
 
420 aa  106  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.58 
 
 
383 aa  106  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251236  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.82 
 
 
392 aa  106  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
415 aa  106  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.16 
 
 
414 aa  106  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.75 
 
 
391 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  33.66 
 
 
383 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0608  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.67 
 
 
398 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  30.39 
 
 
389 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.28 
 
 
402 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
393 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.54 
 
 
402 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.08 
 
 
388 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.940519 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1622  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.81 
 
 
391 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.295347  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.18 
 
 
394 aa  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.02 
 
 
407 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  33.02 
 
 
406 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4545  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.26 
 
 
407 aa  103  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.02 
 
 
406 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  32.34 
 
 
403 aa  103  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10180  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  31.06 
 
 
391 aa  102  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1288  hypothetical protein  35.75 
 
 
409 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.75 
 
 
401 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
405 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  28.37 
 
 
408 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
404 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0191  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.22 
 
 
416 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.65 
 
 
408 aa  102  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.289486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
403 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  35.16 
 
 
415 aa  102  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3782  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.16 
 
 
396 aa  102  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.03 
 
 
374 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.82 
 
 
419 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  28.02 
 
 
407 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1271  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  36.11 
 
 
425 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2913  CAIB/BAIF family protein  36.11 
 
 
425 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.86 
 
 
368 aa  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
473 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.653273  normal  0.0775315 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4446  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase /bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
393 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3038  CAIB/BAIF family protein  36.11 
 
 
425 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>