More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3686 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
451 aa  899    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.81 
 
 
469 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.32 
 
 
448 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  52.38 
 
 
472 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.69 
 
 
462 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.46 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.46 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.69 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.69 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.46 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  55.4 
 
 
482 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.46 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  53.69 
 
 
472 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.77 
 
 
477 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  47.45 
 
 
469 aa  358  9.999999999999999e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.07 
 
 
478 aa  342  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.36 
 
 
465 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
477 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.57 
 
 
465 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.58 
 
 
498 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
483 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  44.11 
 
 
482 aa  250  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.61 
 
 
465 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.42 
 
 
479 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
464 aa  239  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
458 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.86 
 
 
466 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  38.05 
 
 
463 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.89 
 
 
466 aa  226  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.7 
 
 
463 aa  225  1e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.89 
 
 
463 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.37 
 
 
464 aa  221  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.99 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.73 
 
 
463 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.99 
 
 
463 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.97 
 
 
463 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  44.81 
 
 
416 aa  212  1e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
465 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.6 
 
 
463 aa  204  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.02 
 
 
480 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.67 
 
 
448 aa  186  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  41.07 
 
 
463 aa  183  6e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.41 
 
 
528 aa  166  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.88 
 
 
487 aa  158  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  37.14 
 
 
539 aa  123  8e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  33.6 
 
 
418 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.8 
 
 
418 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3480  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.15 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.24 
 
 
383 aa  114  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251236  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  39.11 
 
 
570 aa  113  7.000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  29.41 
 
 
584 aa  113  9e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.83 
 
 
401 aa  111  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.94 
 
 
423 aa  110  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
400 aa  110  8.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.96055  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
411 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.51 
 
 
416 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.56 
 
 
404 aa  109  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.68 
 
 
384 aa  109  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2474  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.42 
 
 
437 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000208733 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  34.55 
 
 
381 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  34.55 
 
 
381 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.84 
 
 
426 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0818  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.85 
 
 
409 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
417 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  33.86 
 
 
393 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
350 aa  107  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659137  normal  0.055566 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
401 aa  107  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
415 aa  106  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  35.29 
 
 
407 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.58 
 
 
383 aa  106  9e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.41 
 
 
416 aa  106  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
407 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
401 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.8 
 
 
416 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.16 
 
 
413 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
420 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  34.76 
 
 
406 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.39 
 
 
407 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.76 
 
 
406 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  25.34 
 
 
549 aa  104  3e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2379  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.12 
 
 
409 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  36.7 
 
 
403 aa  104  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
381 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  37.57 
 
 
401 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.98 
 
 
394 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1663  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.88 
 
 
377 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.655782  normal  0.0468636 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  37.57 
 
 
401 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
401 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.251841  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
401 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0831367  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  34.05 
 
 
393 aa  103  7e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5511  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
406 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91473  normal  0.324907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.64 
 
 
424 aa  103  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  35.79 
 
 
395 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4490  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
404 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.274729  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
416 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6218  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.9 
 
 
401 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50881  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0427  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
401 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.02 
 
 
406 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4403  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
404 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  36.26 
 
 
424 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>