More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3562 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
465 aa  930    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.67 
 
 
498 aa  810    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.24 
 
 
465 aa  761    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.74 
 
 
479 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.44 
 
 
477 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.76 
 
 
483 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.79 
 
 
465 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.8 
 
 
466 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.21 
 
 
464 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  58.75 
 
 
482 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  54.11 
 
 
463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.23 
 
 
463 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.23 
 
 
463 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.58 
 
 
463 aa  428  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.93 
 
 
463 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.15 
 
 
463 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.15 
 
 
463 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.47 
 
 
464 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.41 
 
 
480 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45 
 
 
463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.47 
 
 
466 aa  326  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.62 
 
 
458 aa  322  7e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.7 
 
 
472 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.7 
 
 
472 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.7 
 
 
472 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.7 
 
 
472 aa  279  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.48 
 
 
472 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.48 
 
 
472 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.34 
 
 
472 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  40.26 
 
 
472 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.87 
 
 
448 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.28 
 
 
465 aa  255  9e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.57 
 
 
451 aa  246  8e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.08 
 
 
469 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
477 aa  240  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.8 
 
 
462 aa  236  8e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.76 
 
 
469 aa  233  5e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.82 
 
 
487 aa  228  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  41.01 
 
 
482 aa  226  6e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
478 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  39 
 
 
463 aa  188  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.46 
 
 
528 aa  181  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.34 
 
 
416 aa  174  2.9999999999999996e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.32 
 
 
448 aa  162  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.06 
 
 
462 aa  159  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  32.86 
 
 
570 aa  146  8.000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  29.36 
 
 
584 aa  140  3.9999999999999997e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  27.08 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  30.3 
 
 
549 aa  130  7.000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.82 
 
 
415 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.69 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0608  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
398 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
577 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
544 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
568 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
374 aa  111  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
383 aa  111  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.251236  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.82 
 
 
406 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  33.33 
 
 
403 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
393 aa  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  32.37 
 
 
413 aa  109  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4232  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
372 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  32.37 
 
 
413 aa  109  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
396 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13301  hypothetical protein  33.33 
 
 
394 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.85 
 
 
388 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.940519 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
396 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.48 
 
 
403 aa  108  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
396 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.51 
 
 
368 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  33.97 
 
 
422 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  32.18 
 
 
411 aa  107  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.69 
 
 
383 aa  107  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 
399 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.35 
 
 
415 aa  106  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.31 
 
 
396 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.31 
 
 
396 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  31.1 
 
 
411 aa  106  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
406 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
396 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.84 
 
 
383 aa  106  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 
415 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3782  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.81 
 
 
396 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.39 
 
 
411 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.02 
 
 
434 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2579  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
425 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000133596 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.85 
 
 
381 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.446104 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.16 
 
 
413 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.92 
 
 
406 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.46 
 
 
395 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.82 
 
 
405 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2652  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
391 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.91 
 
 
416 aa  104  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.79 
 
 
396 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3565  putative Formyl-CoA transferase  32.98 
 
 
401 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>