More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2685 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2685  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
353 aa  684    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3729  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.44 
 
 
354 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  55.17 
 
 
352 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2052  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.26 
 
 
354 aa  316  3e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0647  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.47 
 
 
354 aa  294  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7081  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.31 
 
 
348 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4210  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.42 
 
 
351 aa  286  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5943  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.76 
 
 
348 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0234266 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.73 
 
 
357 aa  250  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141061  normal  0.72438 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3474  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.42 
 
 
348 aa  244  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.97 
 
 
452 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.25 
 
 
453 aa  199  6e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.02 
 
 
453 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.96 
 
 
453 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  33.62 
 
 
476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.39 
 
 
450 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.39 
 
 
450 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3496  fumarate lyase  44.55 
 
 
433 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0886994  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  36.16 
 
 
452 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  41.64 
 
 
451 aa  179  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.4 
 
 
454 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.38 
 
 
450 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.91 
 
 
459 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.64 
 
 
450 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.93 
 
 
462 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  32.56 
 
 
450 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.97 
 
 
419 aa  169  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  33.91 
 
 
458 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.92 
 
 
402 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.94 
 
 
450 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  33.64 
 
 
456 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.21 
 
 
451 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  33.14 
 
 
450 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.82 
 
 
457 aa  166  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.3 
 
 
476 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.64 
 
 
450 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  35.06 
 
 
455 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.76 
 
 
438 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.16 
 
 
457 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.3 
 
 
459 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  30.84 
 
 
449 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  38.24 
 
 
451 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  32.56 
 
 
446 aa  160  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  29.97 
 
 
449 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.51 
 
 
460 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.21 
 
 
457 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  30.79 
 
 
473 aa  159  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.71 
 
 
453 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  30.11 
 
 
450 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  30.17 
 
 
448 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.51 
 
 
452 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  36.86 
 
 
438 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  36.44 
 
 
463 aa  156  5.0000000000000005e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  36.8 
 
 
450 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.66 
 
 
404 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.21 
 
 
452 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.14 
 
 
460 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.46 
 
 
452 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.8 
 
 
406 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.59 
 
 
452 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.59 
 
 
452 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.18 
 
 
459 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.59 
 
 
452 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.59 
 
 
452 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.59 
 
 
452 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.46 
 
 
452 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.8 
 
 
490 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.18 
 
 
459 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.71 
 
 
453 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  33.65 
 
 
456 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  31.56 
 
 
452 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  32.73 
 
 
477 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  37.07 
 
 
452 aa  146  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  32.73 
 
 
477 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  32.33 
 
 
454 aa  144  2e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.72 
 
 
453 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  28.49 
 
 
454 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.39 
 
 
384 aa  140  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.24 
 
 
465 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  27.6 
 
 
454 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  29.02 
 
 
454 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  29.71 
 
 
445 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  35.2 
 
 
483 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  27.73 
 
 
454 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  32.63 
 
 
455 aa  136  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  32.93 
 
 
455 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  34.22 
 
 
451 aa  136  7.000000000000001e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  34.87 
 
 
483 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  27.43 
 
 
451 aa  133  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  29.94 
 
 
454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0910  fumarate lyase  37.67 
 
 
458 aa  130  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  33.8 
 
 
488 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  31.86 
 
 
471 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  32.06 
 
 
446 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  32.7 
 
 
456 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0129  fumarate lyase  33.04 
 
 
408 aa  124  3e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2151  adenylosuccinate lyase  31.67 
 
 
431 aa  122  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  31.86 
 
 
430 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2746  fumarate lyase  36.17 
 
 
461 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382939  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  27.76 
 
 
448 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>