More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1542 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  61.94 
 
 		 299 aa  345  7e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  61.32 
 
 		 299 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 293 aa  334  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  59.04 
 
 		 298 aa  331  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  58.02 
 
 		 314 aa  324  9e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  58.02 
 
 		 314 aa  324  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 321 aa  323  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  53.15 
 
 		 297 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 323 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.04 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.04 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.04 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.43 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.68 
 
 		 312 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 288 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.65 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.22 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.04 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.04 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 		 305 aa  148  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 318 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 317 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.04 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>