53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3687 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6832  putative ABC transporter substrate-binding protein  71.46 
 
 		 460 aa  678    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0145789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3687  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 461 aa  952    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  69.78 
 
 		 461 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1243  extracellular solute-binding protein  83.95 
 
 		 461 aa  822    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3529  extracellular solute-binding protein  82.34 
 
 		 458 aa  776    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00601615  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2928  extracellular solute-binding protein  65.2 
 
 		 458 aa  610  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  34 
 
 		 486 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4188  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 465 aa  286  4e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.76 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 434 aa  68.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  28.64 
 
 		 425 aa  67  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  20.79 
 
 		 450 aa  65.9  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  23.06 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  22.28 
 
 		 437 aa  64.3  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  23.92 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  24.67 
 
 		 441 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  24.14 
 
 		 441 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  23.16 
 
 		 434 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 		 436 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 436 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  24.74 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  23.72 
 
 		 440 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  21.25 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  20.8 
 
 		 414 aa  55.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 414 aa  54.3  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 419 aa  53.5  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 399 aa  50.4  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  23.18 
 
 		 425 aa  50.1  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 424 aa  49.3  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6794  extracellular solute-binding protein family 1  21.56 
 
 		 430 aa  47.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 436 aa  47.4  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  22.87 
 
 		 421 aa  47.4  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 430 aa  46.2  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 412 aa  46.6  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 		 421 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 		 412 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 418 aa  45.1  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 412 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 		 426 aa  45.8  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  21.17 
 
 		 439 aa  45.8  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 420 aa  44.7  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 423 aa  44.3  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  23.4 
 
 		 440 aa  44.3  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 442 aa  43.9  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  22.41 
 
 		 425 aa  43.9  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  21.32 
 
 		 504 aa  43.1  0.009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.12 
 
 		 444 aa  43.1  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>