More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1916 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  686    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  72.64 
 
 		 332 aa  482  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  72.04 
 
 		 332 aa  481  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  60 
 
 		 337 aa  378  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  59.39 
 
 		 340 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.61 
 
 		 338 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  58.43 
 
 		 348 aa  371  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  59.39 
 
 		 340 aa  374  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  59.39 
 
 		 340 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  55.76 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  58.79 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  55.76 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.88 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.88 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.88 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.88 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.88 
 
 		 342 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.27 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  57.27 
 
 		 343 aa  359  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.22 
 
 		 332 aa  360  3e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.95 
 
 		 340 aa  356  2.9999999999999997e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.65 
 
 		 340 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.65 
 
 		 340 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.35 
 
 		 340 aa  355  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.35 
 
 		 340 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  54.35 
 
 		 340 aa  355  6.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  53.75 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  53.75 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  53.75 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  53.75 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  53.75 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  53.75 
 
 		 346 aa  346  3e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  53.45 
 
 		 346 aa  345  8e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  52.85 
 
 		 346 aa  344  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  53.45 
 
 		 346 aa  343  2e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  52.74 
 
 		 345 aa  337  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  46.67 
 
 		 351 aa  308  6.999999999999999e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  45.1 
 
 		 342 aa  296  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  43.37 
 
 		 345 aa  285  5.999999999999999e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  44.14 
 
 		 338 aa  281  8.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  44.14 
 
 		 338 aa  281  8.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  41.49 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.24 
 
 		 335 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.24 
 
 		 335 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.24 
 
 		 335 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  42.94 
 
 		 335 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  42.94 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  45.32 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  45.32 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  43.2 
 
 		 334 aa  272  7e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  41.09 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.48 
 
 		 340 aa  259  5.0000000000000005e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.73 
 
 		 332 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 336 aa  246  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  38.97 
 
 		 337 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  40.07 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  38.18 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  38.62 
 
 		 333 aa  242  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 337 aa  240  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  35.54 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  39.41 
 
 		 337 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.92 
 
 		 334 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  38.07 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  38.07 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  38.41 
 
 		 333 aa  232  6e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.2 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  36.56 
 
 		 340 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  36.56 
 
 		 339 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  37.5 
 
 		 352 aa  225  9e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  36.25 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  36.25 
 
 		 339 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  36.25 
 
 		 339 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  35.05 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  38.25 
 
 		 336 aa  219  5e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 327 aa  215  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 		 337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 340 aa  212  7.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 332 aa  208  9e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  36.04 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  36.04 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.24 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.24 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  36.04 
 
 		 337 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  36.04 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 342 aa  206  5e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  35.74 
 
 		 350 aa  205  7e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>