More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0248 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0248  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 
428 aa  872    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.74 
 
 
438 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.477524  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0903  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.24 
 
 
429 aa  430  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.79 
 
 
443 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0661425  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0962  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.93 
 
 
443 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0923709  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.02 
 
 
443 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0103787  decreased coverage  0.0000000602754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1136  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.95 
 
 
447 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3310  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.1 
 
 
443 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899565  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.1 
 
 
443 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.650391  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0960  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.16 
 
 
451 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.25993  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0998  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.39 
 
 
451 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1184  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.49 
 
 
465 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000204696  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0971  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.39 
 
 
410 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000971191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.26 
 
 
494 aa  315  9e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  45.69 
 
 
445 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.1 
 
 
581 aa  314  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.72 
 
 
463 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.11 
 
 
443 aa  312  5.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.74 
 
 
513 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.5 
 
 
522 aa  311  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.42 
 
 
491 aa  309  5e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.39 
 
 
480 aa  308  8e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.95 
 
 
550 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.77 
 
 
477 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.5 
 
 
543 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  45.5 
 
 
527 aa  305  7e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
525 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
525 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.21 
 
 
535 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
526 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
522 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.62 
 
 
492 aa  304  2.0000000000000002e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.9 
 
 
496 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  43.85 
 
 
495 aa  304  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.85 
 
 
451 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.45 
 
 
515 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  44.13 
 
 
435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.58 
 
 
413 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.3 
 
 
577 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.24 
 
 
515 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.3 
 
 
578 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  44.92 
 
 
429 aa  303  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.14 
 
 
565 aa  302  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.41 
 
 
452 aa  301  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000199  ATP-dependent RNA helicase  40.77 
 
 
419 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00545239  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.99 
 
 
549 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.51 
 
 
438 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.23 
 
 
511 aa  300  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.99 
 
 
578 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05933  hypothetical protein  40.52 
 
 
421 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.9 
 
 
599 aa  300  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  43.61 
 
 
540 aa  300  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  45.18 
 
 
398 aa  300  3e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.32 
 
 
549 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.97 
 
 
466 aa  299  7e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.4 
 
 
419 aa  299  7e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.86 
 
 
422 aa  299  7e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
453 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
453 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
453 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.33 
 
 
462 aa  298  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.62 
 
 
560 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
453 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  42.65 
 
 
418 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
453 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.42 
 
 
447 aa  298  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  42.14 
 
 
426 aa  298  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  44.3 
 
 
484 aa  297  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  40.9 
 
 
557 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.99 
 
 
452 aa  297  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  44.3 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.3 
 
 
480 aa  297  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  40.72 
 
 
510 aa  296  3e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.68 
 
 
515 aa  297  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.68 
 
 
515 aa  297  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
454 aa  296  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.65 
 
 
545 aa  296  4e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.79 
 
 
436 aa  296  4e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  42.82 
 
 
454 aa  296  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.82 
 
 
454 aa  296  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  44.3 
 
 
477 aa  296  5e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
454 aa  296  5e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
455 aa  296  5e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.41 
 
 
533 aa  296  5e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  42.82 
 
 
454 aa  296  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
454 aa  296  5e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
454 aa  296  6e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.88 
 
 
455 aa  296  7e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  42.38 
 
 
442 aa  295  8e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.04 
 
 
598 aa  295  8e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.44 
 
 
506 aa  295  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.91 
 
 
418 aa  295  9e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.77 
 
 
479 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.72 
 
 
471 aa  294  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.37 
 
 
425 aa  294  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.82 
 
 
456 aa  294  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.77 
 
 
480 aa  295  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.97 
 
 
485 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>