More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0508 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0508  hypothetical protein  100 
 
 
192 aa  387  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.191573 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02783  redicted flavoprotein  47.37 
 
 
188 aa  170  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.690393  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5127  NADPH-dependent FMN reductase  49.47 
 
 
230 aa  163  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0543  hypothetical protein  52.44 
 
 
187 aa  158  6e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2576  NADPH-dependent FMN reductase  49.07 
 
 
189 aa  157  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.410047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0652  NADPH-dependent FMN reductase  45.68 
 
 
195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0787  NADPH-dependent FMN reductase  43.98 
 
 
192 aa  142  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277588  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0339  NADPH-dependent FMN reductase  43.81 
 
 
193 aa  137  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0468991  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0050  NADPH-dependent FMN reductase  44.56 
 
 
193 aa  137  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0682  NADPH-dependent FMN reductase  44.24 
 
 
197 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0200  NADPH-dependent FMN reductase  39.15 
 
 
197 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.591707 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1666  NADPH-dependent FMN reductase  39.36 
 
 
216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.210753  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0332  NADPH-dependent FMN reductase  42.33 
 
 
212 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0044  NADPH-dependent FMN reductase  44.91 
 
 
194 aa  131  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0025  NADPH-dependent FMN reductase  44.91 
 
 
194 aa  131  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.539935 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0388  NADPH-dependent FMN reductase  42.78 
 
 
193 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0072  NADPH-dependent FMN reductase  40.61 
 
 
192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.966553  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0432  NADPH-dependent FMN reductase  40.21 
 
 
193 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0194  putative NADPH-dependent FMN reductase  43.75 
 
 
192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.787949  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0045  NADPH-dependent FMN reductase  42.69 
 
 
195 aa  122  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2887  NADPH-dependent FMN reductase  42.02 
 
 
190 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.534509  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1062  NADPH-dependent FMN reductase  37.7 
 
 
201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2081  NADPH-dependent FMN reductase  38.07 
 
 
180 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.505082 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3798  NADPH-dependent FMN reductase  41.88 
 
 
202 aa  106  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000652253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2685  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.12 
 
 
187 aa  99  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2349  NADPH-dependent FMN reductase  40.24 
 
 
186 aa  97.8  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3069  NADPH-dependent FMN reductase  36.32 
 
 
185 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.255478  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03046  hypothetical protein  39.64 
 
 
184 aa  91.3  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443536  normal  0.798242 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4789  NADPH-dependent FMN reductase  37.65 
 
 
180 aa  90.9  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.165976  normal  0.0635371 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1159  NADPH-dependent FMN reductase  37.77 
 
 
189 aa  90.1  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.310294  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3796  NADPH-dependent FMN reductase  35.26 
 
 
185 aa  89  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0636316  normal  0.371173 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4960  NADPH-dependent FMN reductase  40.97 
 
 
184 aa  89  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000098219  normal  0.0174202 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4569  NADPH-dependent FMN reductase  35.37 
 
 
186 aa  86.3  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561148  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3166  NADPH-dependent FMN reductase  36.26 
 
 
183 aa  85.9  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000892563  normal  0.961569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5513  NADPH-dependent FMN reductase  39.58 
 
 
184 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000482376  normal  0.178166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4174  hypothetical protein  38.82 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.469146  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4031  NADPH-dependent FMN reductase  38.85 
 
 
184 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0009  NADPH-dependent FMN reductase  40.28 
 
 
184 aa  85.5  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000508373  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4143  NADPH-dependent FMN reductase  38.85 
 
 
184 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269863  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0947  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  39.62 
 
 
180 aa  84.3  9e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.787165  normal  0.0766584 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20290  predicted flavoprotein  36.59 
 
 
184 aa  84  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.690539  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2073  NAD(P)H dehydrogenase (quinone):NADPH-dependent FMN reductase  37.27 
 
 
192 aa  83.6  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.614853  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2367  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  40.28 
 
 
185 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000285806  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2447  NADPH-dependent FMN reductase  35.4 
 
 
181 aa  84  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.180315  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2506  hypothetical protein  36.96 
 
 
183 aa  83.6  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2360  hypothetical protein  36.96 
 
 
183 aa  82.8  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5357  NADPH-dependent FMN reductase  40.12 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2403  NADPH-dependent FMN reductase  33.13 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.420707  normal  0.039915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48740  hypothetical protein  38.24 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127911 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0735  flavoprotein  40.29 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4547  NADPH-dependent FMN reductase  39.58 
 
 
184 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000635846  normal  0.888906 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5170  NADPH-dependent FMN reductase  39.58 
 
 
184 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000106598  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2190  NADPH-dependent FMN reductase  36.47 
 
 
189 aa  81.3  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0038  NADPH-dependent FMN reductase  35.8 
 
 
193 aa  81.3  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5689  NADPH-dependent FMN reductase  39.58 
 
 
184 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000053398  decreased coverage  0.000226287 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1114  NADPH-dependent FMN reductase  33.74 
 
 
184 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2638  NADPH-dependent FMN reductase  35.88 
 
 
186 aa  80.5  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.334684 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3996  NADPH-dependent FMN reductase  34.94 
 
 
188 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.938741  hitchhiker  0.00000030757 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0079  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  37.64 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.768632  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1418  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169295  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2110  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.00000000601888  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1497  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000255815  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3283  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000258349  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2505  NADPH-dependent FMN reductase  32.93 
 
 
186 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3170  NADPH-dependent FMN reductase  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000548947  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1138  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000288055  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2404  NADPH-dependent FMN reductase domain-containing protein  38.89 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000721457  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3596  NADPH-dependent FMN reductase  33.33 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0041425 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1182  NADPH-dependent FMN reductase  32.72 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1209  NADPH-dependent FMN reductase  32.72 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09863  hypothetical protein  34.15 
 
 
202 aa  79  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1148  NADPH-dependent FMN reductase  33.74 
 
 
183 aa  79  0.00000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.148322  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2657  NADPH-dependent FMN reductase  35.26 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0489341 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2933  NADPH-dependent FMN reductase  29.88 
 
 
192 aa  78.2  0.00000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.89226  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7021  NADPH-dependent FMN reductase  37.76 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0223037  hitchhiker  0.00000135463 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1767  NADPH-dependent FMN reductase  36.31 
 
 
189 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13071  hypothetical protein  37.01 
 
 
184 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4146  NADPH-dependent FMN reductase  36.88 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000287053  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4645  NADPH-dependent FMN reductase  34.25 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.218505  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1954  NADPH-dependent FMN reductase  36.31 
 
 
197 aa  76.3  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.867559  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0004  hypothetical protein  33.7 
 
 
184 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000785497  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4209  NADPH-dependent FMN reductase  30 
 
 
188 aa  75.9  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2303  NADPH-dependent FMN reductase  36.05 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233945  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0138  NADPH-dependent FMN reductase  37.31 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.044565  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1082  hypothetical protein  33.71 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.137626  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4080  NADPH-dependent FMN reductase  30.53 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.952282 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3708  FMN reductase, NADPH-dependent  35.71 
 
 
194 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1480  NADPH-dependent FMN reductase  39.31 
 
 
179 aa  74.7  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.109308 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1275  NADPH-dependent FMN reductase  31.45 
 
 
192 aa  74.7  0.0000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3192  NADPH-dependent FMN reductase  39.26 
 
 
183 aa  74.7  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.271184  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0263  NADPH-dependent FMN reductase  33.33 
 
 
202 aa  73.9  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.478273  normal  0.331111 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3083  NADPH-dependent FMN reductase  32.99 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1180  NADPH-dependent FMN reductase  37.27 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.593447 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04797  NADPH-dependent fmn reductase  36.55 
 
 
184 aa  73.9  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5720  NADPH-dependent FMN reductase  39.71 
 
 
197 aa  73.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4254  NADPH-dependent FMN reductase  30 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2443  NADPH-dependent FMN reductase  32.72 
 
 
181 aa  73.2  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000556188  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4281  NADPH-dependent FMN reductase  30 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5144  NADPH-dependent FMN reductase  30 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0905647 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03109  hypothetical protein  32.53 
 
 
174 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>