More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3142 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
326 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.23 
 
 
328 aa  543  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.4 
 
 
338 aa  471  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.44 
 
 
327 aa  457  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.31 
 
 
326 aa  428  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  65.83 
 
 
326 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.27 
 
 
326 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63 
 
 
327 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63 
 
 
327 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  61.35 
 
 
327 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.62 
 
 
326 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.76 
 
 
321 aa  408  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  61.11 
 
 
326 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.04 
 
 
326 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.12 
 
 
326 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
326 aa  391  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.26 
 
 
321 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.59 
 
 
322 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.000255832  decreased coverage  0.000142665 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  46.46 
 
 
342 aa  327  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  45.54 
 
 
325 aa  326  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.54 
 
 
325 aa  324  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  44.62 
 
 
325 aa  319  5e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
324 aa  316  3e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  46.73 
 
 
391 aa  315  9e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  46.13 
 
 
310 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.92 
 
 
325 aa  311  6.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  44.31 
 
 
325 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
326 aa  309  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  45.51 
 
 
325 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.03 
 
 
325 aa  305  5.0000000000000004e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779097  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.11 
 
 
325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
324 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.38 
 
 
323 aa  293  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
327 aa  292  6e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
327 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 
324 aa  289  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
349 aa  288  6e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00059192  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.38 
 
 
325 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
349 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 
325 aa  280  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
325 aa  279  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
334 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  42.32 
 
 
328 aa  273  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  44.25 
 
 
339 aa  261  8.999999999999999e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
315 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
335 aa  256  5e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
306 aa  255  8e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
325 aa  249  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.642958  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
324 aa  248  9e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  41.96 
 
 
336 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.81 
 
 
324 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.88 
 
 
333 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
324 aa  243  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
324 aa  241  9e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
336 aa  239  2.9999999999999997e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290985  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.53 
 
 
337 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
306 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
324 aa  236  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
320 aa  235  8e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.37 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  40.37 
 
 
306 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  40.37 
 
 
306 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  39.69 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  40.37 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  38.01 
 
 
316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.75 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.37 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  41.18 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.93 
 
 
309 aa  233  3e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
306 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  40.88 
 
 
336 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.38 
 
 
323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.36 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.69 
 
 
306 aa  232  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
311 aa  232  8.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  37.69 
 
 
316 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
316 aa  231  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
336 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
336 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>