More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3962 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  54.75 
 
 		 221 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.88 
 
 		 239 aa  239  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  52.61 
 
 		 240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 225 aa  237  8e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 222 aa  236  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  50.45 
 
 		 224 aa  236  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  52 
 
 		 240 aa  235  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.13 
 
 		 239 aa  234  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.13 
 
 		 239 aa  234  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 241 aa  234  6e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.13 
 
 		 239 aa  234  7e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.12 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.12 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.12 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.12 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  51.36 
 
 		 227 aa  234  9e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  51.39 
 
 		 219 aa  234  9e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.55 
 
 		 227 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  51.56 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.56 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 		 247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.56 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  51.56 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.56 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.67 
 
 		 240 aa  232  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.11 
 
 		 240 aa  231  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.11 
 
 		 240 aa  231  7.000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.11 
 
 		 240 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.67 
 
 		 243 aa  229  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.23 
 
 		 242 aa  229  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.23 
 
 		 242 aa  228  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 219 aa  227  9e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 219 aa  227  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.13 
 
 		 243 aa  226  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  49.09 
 
 		 227 aa  225  5.0000000000000005e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 226 aa  221  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  49.07 
 
 		 226 aa  221  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  46.93 
 
 		 232 aa  221  7e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  47.73 
 
 		 230 aa  219  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 227 aa  217  8.999999999999998e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  43.18 
 
 		 222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 223 aa  211  7.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  46.79 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.61 
 
 		 234 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 230 aa  205  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.42 
 
 		 230 aa  193  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  44.91 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 230 aa  189  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 227 aa  180  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 234 aa  175  4e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0276045  hitchhiker  9.727110000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.79 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.05 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  44.05 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  44.05 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  41.07 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1074  response regulator receiver protein  43.61 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000246777  normal  0.491091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1316  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.65 
 
 		 237 aa  171  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 230 aa  171  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  41.33 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4255  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 226 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2689  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  43.17 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000627834  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.65 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 241 aa  168  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1085  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 235 aa  168  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.224574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  41.28 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  41.36 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>