275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1406 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1406  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 
261 aa  532  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01663  4-oxalocrotonate decarboxylase protein  53.44 
 
 
263 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0913733  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0912  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.57 
 
 
259 aa  267  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.704461  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1150  4-oxalocrotonate decarboxylase  54.13 
 
 
254 aa  265  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454229  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1480  4-oxalocrotonate decarboxylase  50.79 
 
 
254 aa  259  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3851  hydratase/decarboxylase  49 
 
 
256 aa  255  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0976371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3521  4-oxalocrotonate decarboxylase  52.73 
 
 
257 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.285108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1469  4-oxalocrotonate decarboxylase  47.43 
 
 
257 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7643  4-oxalocrotonate decarboxylase  47.64 
 
 
257 aa  234  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.905012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2010  4-oxalocrotonate decarboxylase  55.06 
 
 
256 aa  234  9e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5210  4-oxalocrotonate decarboxylase  49.35 
 
 
254 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.39218  normal  0.210604 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5137  hydratase/decarboxylase  45.67 
 
 
259 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.838757  normal  0.0331511 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3524  4-oxalocrotonate decarboxylase  49.59 
 
 
257 aa  208  6e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5500  4-oxalocrotonate decarboxylase  48.37 
 
 
266 aa  204  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9112  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.86 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3899  4-oxalocrotonate decarboxylase  48.58 
 
 
257 aa  194  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.553446 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.11 
 
 
261 aa  171  9e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3090  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.93 
 
 
262 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  38.37 
 
 
262 aa  164  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2773  hydratase/decarboxylase  38.78 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000493793  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1618  4-oxalocrotonate decarboxylase  36 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  42.6 
 
 
269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00468493  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2958  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.08 
 
 
262 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.17 
 
 
262 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.45 
 
 
262 aa  158  8e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1318  hydratase/decarboxylase  39.64 
 
 
262 aa  155  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288999  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.96 
 
 
280 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.39 
 
 
261 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08680  4-oxalocrotonate decarboxylase.XylI  36.48 
 
 
262 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.07 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2118  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.05 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.609149  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.68 
 
 
259 aa  145  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  35.89 
 
 
267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  34.82 
 
 
260 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.3 
 
 
279 aa  143  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.77 
 
 
268 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.3 
 
 
264 aa  142  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.83 
 
 
264 aa  142  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.38 
 
 
267 aa  142  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1730  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.24 
 
 
267 aa  141  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.05 
 
 
260 aa  141  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0943  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.63 
 
 
267 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1135  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase  34.63 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.63 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1028  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.63 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1508  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.63 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0105  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.63 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.274919  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.81 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.48 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.19 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.86 
 
 
264 aa  138  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3472  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.95 
 
 
260 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102578  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1955  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.72 
 
 
267 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504182  normal  0.0219036 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1778  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.86 
 
 
267 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.110144 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3342  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.07 
 
 
262 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3658  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.72 
 
 
267 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.36 
 
 
257 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2504  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.88 
 
 
266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1627  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.85 
 
 
267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.72873 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  35.53 
 
 
260 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.09 
 
 
261 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4132  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.07 
 
 
267 aa  135  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.138195  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.47 
 
 
268 aa  135  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4369  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.46 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455554  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3502  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.98 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.328452  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4130  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.11 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.94 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.29 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.94 
 
 
261 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4236  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.11 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.119671  normal  0.0833029 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3281  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.11 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0269586  normal  0.185525 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.29 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.94 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.47 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4208  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.1 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3499  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.15 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00827858 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  34.12 
 
 
267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.25 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.46 
 
 
260 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.47 
 
 
269 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.6 
 
 
269 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  36.4 
 
 
264 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.47 
 
 
269 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0595  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.35 
 
 
262 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.47 
 
 
269 aa  132  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  33.07 
 
 
261 aa  132  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.46 
 
 
265 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.98 
 
 
259 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.09 
 
 
269 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0425  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.82 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.75 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.32 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.246439 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00304  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.09 
 
 
269 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.503312  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  34.09 
 
 
269 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  34.38 
 
 
262 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1510  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.55 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5692  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.04 
 
 
263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2961  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.86 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.665549  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.44 
 
 
259 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.07 
 
 
261 aa  128  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>