49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3142 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3142  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 504 aa  970    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.228512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1883  TPR repeat-containing protein  43.36 
 
 		 457 aa  277  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1811  TPR repeat-containing protein  40.27 
 
 		 596 aa  141  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.541585  normal  0.135887 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02816  TPR domain protein  28.26 
 
 		 604 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.36083  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1253  hypothetical protein  29.18 
 
 		 593 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.177752  unclonable  0.0000127054 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3467  Flp pilus assembly protein TadD  37.34 
 
 		 535 aa  89.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  38.31 
 
 		 573 aa  88.6  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2678  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 		 480 aa  85.5  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  21.81 
 
 		 597 aa  83.6  0.000000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16741  hypothetical protein  28.28 
 
 		 467 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1062  TPR repeat-containing protein  29.19 
 
 		 503 aa  61.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  22.12 
 
 		 612 aa  58.9  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0817  hypothetical protein  31.25 
 
 		 467 aa  58.5  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00165108  unclonable  0.0000072103 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  24.38 
 
 		 936 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  30.56 
 
 		 864 aa  54.3  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 4079 aa  52.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0003  TPR repeat-containing protein  20.1 
 
 		 466 aa  52.4  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  25.44 
 
 		 1979 aa  51.6  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47492  predicted protein  30.39 
 
 		 640 aa  49.3  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00475484  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1461  tetratricopeptide TPR_2  27.07 
 
 		 194 aa  48.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1449  tetratricopeptide TPR_2  21.72 
 
 		 1067 aa  48.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  29.29 
 
 		 594 aa  47.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 		 366 aa  47.4  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1309  TPR repeat-containing protein  21.39 
 
 		 515 aa  47  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07051  hypothetical protein  33.68 
 
 		 238 aa  47  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  23.55 
 
 		 594 aa  46.6  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1770  hypothetical protein  30.69 
 
 		 237 aa  46.6  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.679199  normal  0.0353666 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 828 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3962  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.46 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3115  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 284 aa  45.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000023055  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  25.15 
 
 		 374 aa  45.8  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 		 1421 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  24.31 
 
 		 565 aa  45.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.03 
 
 		 818 aa  45.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2723  TPR repeat-containing protein  30.59 
 
 		 342 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26129  normal  0.431849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1682  TPR repeat-containing protein  31.43 
 
 		 1127 aa  45.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.592663 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  20.56 
 
 		 784 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4274  hypothetical protein  26.73 
 
 		 210 aa  44.3  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.373723 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1454  hypothetical protein  25.62 
 
 		 240 aa  44.3  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.25069 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  31.01 
 
 		 1069 aa  43.9  0.006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2890  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 		 599 aa  43.9  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0313082 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4781  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  20.61 
 
 		 738 aa  43.9  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.409511  normal  0.0812036 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2822  tetratricopeptide repeat-containing protein  23.97 
 
 		 290 aa  43.9  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0986349  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4588  hypothetical protein  27.19 
 
 		 199 aa  43.9  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3643  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  19.91 
 
 		 406 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2471  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  19.91 
 
 		 406 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0400427  normal  0.45906 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  31.68 
 
 		 586 aa  43.5  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.03 
 
 		 784 aa  43.5  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  22.54 
 
 		 927 aa  43.1  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>