More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3068 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  500  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
252 aa  240  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  46.25 
 
 
252 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
252 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
255 aa  198  9e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  44.66 
 
 
246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
248 aa  195  8.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
265 aa  190  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  44.72 
 
 
256 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4509  short chain dehydrogenase  43.25 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4641  short chain dehydrogenase  43.25 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299413  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2129  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
255 aa  171  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
256 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
248 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
255 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  43.65 
 
 
253 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  43.09 
 
 
256 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  43.09 
 
 
256 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  43.09 
 
 
256 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
244 aa  165  6.9999999999999995e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3966  short chain dehydrogenase  42.58 
 
 
251 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  42.68 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  42.68 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.513657  normal  0.265032 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  161  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  42.52 
 
 
256 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4911  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
246 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
256 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
252 aa  160  3e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.890933  normal  0.0516654 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
249 aa  159  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
256 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3985  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
256 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473882  normal  0.0186737 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
251 aa  158  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.878077  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
251 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
274 aa  156  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
257 aa  156  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
271 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
248 aa  155  4e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
256 aa  155  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1850  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  38.31 
 
 
255 aa  155  6e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00172962  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
282 aa  155  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 
255 aa  155  9e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0532  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1800  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2905  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.901799  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.37 
 
 
249 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2851  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238755  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1719  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2477  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22780  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.31 
 
 
251 aa  154  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.503497 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2790  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.570924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2335  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.25 
 
 
253 aa  153  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4155  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.84 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0471031  normal  0.022218 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.81 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
261 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
246 aa  151  8e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.28 
 
 
302 aa  151  8.999999999999999e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.45 
 
 
257 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  35.27 
 
 
263 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
260 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  150  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
249 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0917  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.32 
 
 
249 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.22 
 
 
246 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
268 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0982  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
249 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.0572265 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.35 
 
 
258 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
250 aa  149  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
258 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
246 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
246 aa  149  4e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
257 aa  149  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2910  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.98 
 
 
249 aa  148  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26924  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
233 aa  149  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1052  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.32 
 
 
249 aa  148  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.595942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>