More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4509 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4641  short chain dehydrogenase  100 
 
 
257 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299413  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4509  short chain dehydrogenase  100 
 
 
257 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  80.93 
 
 
256 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  69.17 
 
 
256 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  68.4 
 
 
256 aa  353  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.4 
 
 
271 aa  336  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  66.4 
 
 
256 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  64.2 
 
 
256 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  315  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  315  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  315  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  61.81 
 
 
255 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3985  short chain dehydrogenase  63.56 
 
 
256 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473882  normal  0.0186737 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  63.97 
 
 
255 aa  299  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  63.56 
 
 
256 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  63.56 
 
 
256 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  60.78 
 
 
252 aa  292  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3966  short chain dehydrogenase  57.83 
 
 
251 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0133  short chain dehydrogenase  54.18 
 
 
256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
253 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  46.31 
 
 
253 aa  168  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
265 aa  161  9e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  40.32 
 
 
252 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
266 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  38.89 
 
 
246 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.08 
 
 
254 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.6 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  145  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
275 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2001  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
245 aa  144  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
248 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.961994  normal  0.547574 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
239 aa  142  6e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38 
 
 
247 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
254 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
254 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
252 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1719  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2371  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
248 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
251 aa  139  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
258 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.48 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3963  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
251 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.680971  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
249 aa  138  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.68 
 
 
246 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  38.31 
 
 
255 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
245 aa  138  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.02 
 
 
249 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4528  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
258 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
246 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
264 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
277 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
246 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
256 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.44 
 
 
249 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.32 
 
 
246 aa  137  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
250 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 
263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0416  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.5 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3280  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
251 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0712  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.25 
 
 
246 aa  135  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000308432  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
254 aa  135  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2477  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
258 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0532  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1800  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2790  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.570924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2905  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.901799  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2851  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238755  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
268 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.68 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22780  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.29 
 
 
251 aa  135  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.503497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.74 
 
 
253 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1003  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
245 aa  135  8e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
245 aa  135  8e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0665  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  31.71 
 
 
246 aa  135  8e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.719138  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.2 
 
 
246 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>