More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3966 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3966  short chain dehydrogenase  100 
 
 
251 aa  503  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0133  short chain dehydrogenase  67.72 
 
 
256 aa  325  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  61.69 
 
 
256 aa  287  9e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  60.89 
 
 
255 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  60.48 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3985  short chain dehydrogenase  61.29 
 
 
256 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473882  normal  0.0186737 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  60.48 
 
 
256 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  59.84 
 
 
256 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  59.84 
 
 
256 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  59.84 
 
 
256 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  57.77 
 
 
256 aa  275  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  60.89 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  273  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  61.04 
 
 
252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  59.27 
 
 
256 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  56.8 
 
 
256 aa  268  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4509  short chain dehydrogenase  57.43 
 
 
257 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4641  short chain dehydrogenase  57.43 
 
 
257 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299413  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  56.4 
 
 
256 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 
271 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  44.53 
 
 
253 aa  165  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  40.24 
 
 
246 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
265 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
245 aa  149  6e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
245 aa  148  8e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  39.61 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
248 aa  145  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
249 aa  144  9e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.69 
 
 
246 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.48 
 
 
245 aa  144  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3963  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
251 aa  141  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.680971  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
266 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.08 
 
 
245 aa  138  8.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
251 aa  138  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
245 aa  138  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.45 
 
 
254 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.98 
 
 
245 aa  137  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
247 aa  135  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  35.08 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.66 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.29 
 
 
246 aa  133  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
246 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
256 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4528  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
258 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
251 aa  131  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
255 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.69 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22780  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.37 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.503497 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  37.2 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429161  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
274 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
252 aa  129  6e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
251 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.13 
 
 
244 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2371  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
248 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
259 aa  128  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4155  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.99 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0471031  normal  0.022218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.79 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.34 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
262 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.138148 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.47 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.755357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.96 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
254 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
259 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.534322  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>