More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3172 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
271 aa  536  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  71.77 
 
 
256 aa  348  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4509  short chain dehydrogenase  72.4 
 
 
257 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4641  short chain dehydrogenase  72.4 
 
 
257 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299413  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  64.45 
 
 
256 aa  330  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  64.96 
 
 
256 aa  322  4e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
256 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  65.18 
 
 
256 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  63.16 
 
 
256 aa  309  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  62.11 
 
 
256 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  62.55 
 
 
256 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  61.72 
 
 
256 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  62.55 
 
 
256 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  62.55 
 
 
256 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  62.35 
 
 
255 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  60.96 
 
 
256 aa  300  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3985  short chain dehydrogenase  60.96 
 
 
256 aa  296  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473882  normal  0.0186737 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  62.75 
 
 
255 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  59.77 
 
 
252 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3966  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 
251 aa  256  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0133  short chain dehydrogenase  53.2 
 
 
256 aa  231  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  47.35 
 
 
253 aa  171  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
252 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
253 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
265 aa  152  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  38.28 
 
 
246 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  145  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
260 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  38.58 
 
 
252 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
252 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
256 aa  140  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1601  short chain dehydrogenase  41.08 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786043  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
260 aa  138  7.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 
259 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.44 
 
 
249 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 
254 aa  137  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
263 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 
253 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 
260 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 
253 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4571  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
261 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.458297  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 
253 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.71 
 
 
250 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.8 
 
 
255 aa  135  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
245 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
260 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
254 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
249 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
245 aa  135  9e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.6 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 
264 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.29 
 
 
251 aa  133  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 
249 aa  133  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.9 
 
 
254 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
249 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000248538  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  36.33 
 
 
255 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
261 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
254 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  37.3 
 
 
274 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
251 aa  131  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.4 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
269 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115705  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
262 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.53 
 
 
302 aa  130  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
264 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.16 
 
 
247 aa  129  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>