More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1837 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
265 aa  527  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187404  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1418  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
257 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
257 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.479548 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3633  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
256 aa  152  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
306 aa  118  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  37.3 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  33.61 
 
 
261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.455757  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  32.27 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
297 aa  113  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  33.2 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32.8 
 
 
255 aa  109  6e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
246 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
285 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
253 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
254 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
254 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
267 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
295 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
285 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
285 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
287 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
250 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
261 aa  106  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
255 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
295 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
296 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2737  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.46 
 
 
249 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.277769  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
249 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
248 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
247 aa  106  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2748  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.27 
 
 
250 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.52 
 
 
249 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  31.05 
 
 
244 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.15 
 
 
285 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
251 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.485878  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
250 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 
272 aa  103  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  30.65 
 
 
286 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
255 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.51 
 
 
295 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
246 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
248 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3856  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
245 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
258 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.750437  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
253 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
258 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.406444  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  32.03 
 
 
257 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
258 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
247 aa  102  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.26 
 
 
251 aa  102  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
277 aa  102  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0837629  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.71 
 
 
249 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
286 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
255 aa  102  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
255 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.8 
 
 
259 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
246 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
286 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.317832 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2840  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
250 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.91 
 
 
259 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
246 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2932  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
250 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
251 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45430  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
245 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
286 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
251 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
251 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
250 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 
245 aa  101  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.2 
 
 
250 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
285 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
254 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
251 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.2 
 
 
248 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.27 
 
 
248 aa  100  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
263 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.34739  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
255 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
258 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 
284 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
255 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.72 
 
 
247 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 
245 aa  99.8  4e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.57 
 
 
285 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.52 
 
 
249 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
253 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.11 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>