More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4241 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 907 aa  1871    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  35.46 
 
 		 929 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00298  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 		 407 aa  151  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.014488  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  31.83 
 
 		 719 aa  142  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.4 
 
 		 743 aa  140  7.999999999999999e-32  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  30.7 
 
 		 765 aa  139  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 		 726 aa  138  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  30.29 
 
 		 655 aa  138  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 1016 aa  135  3e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  30.77 
 
 		 715 aa  135  3.9999999999999996e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  27.91 
 
 		 722 aa  133  2.0000000000000002e-29  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 		 754 aa  131  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  30.33 
 
 		 735 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  26.05 
 
 		 727 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  31.83 
 
 		 742 aa  130  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  29.08 
 
 		 743 aa  130  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  28.49 
 
 		 730 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  31.02 
 
 		 768 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 648 aa  129  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.51 
 
 		 749 aa  129  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  28.93 
 
 		 707 aa  129  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 648 aa  129  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  29.33 
 
 		 723 aa  128  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.86 
 
 		 755 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  29.33 
 
 		 723 aa  129  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.63 
 
 		 719 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  27.66 
 
 		 722 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  28.85 
 
 		 726 aa  128  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 746 aa  128  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  32.11 
 
 		 681 aa  128  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  29.49 
 
 		 714 aa  128  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 		 787 aa  128  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  31.4 
 
 		 725 aa  127  7e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.37 
 
 		 729 aa  127  8.000000000000001e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.15 
 
 		 754 aa  127  9e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 		 706 aa  127  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  29.56 
 
 		 769 aa  127  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  27.17 
 
 		 668 aa  127  1e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  25.55 
 
 		 729 aa  127  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  25.94 
 
 		 727 aa  126  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  29.23 
 
 		 688 aa  126  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  28.95 
 
 		 737 aa  125  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  33.11 
 
 		 739 aa  125  4e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  32.21 
 
 		 741 aa  125  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  28.14 
 
 		 721 aa  125  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  29.32 
 
 		 684 aa  124  6e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  24.95 
 
 		 728 aa  124  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 751 aa  124  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  25.72 
 
 		 727 aa  124  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 728 aa  124  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  32.42 
 
 		 743 aa  124  9e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  28.25 
 
 		 724 aa  124  9e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.68 
 
 		 688 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 708 aa  123  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  28.68 
 
 		 688 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  28.68 
 
 		 688 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.2 
 
 		 730 aa  124  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.95 
 
 		 688 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.2 
 
 		 730 aa  124  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 		 783 aa  124  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.68 
 
 		 688 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 625 aa  123  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.68 
 
 		 688 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  28.86 
 
 		 728 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.25 
 
 		 757 aa  123  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.76 
 
 		 657 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  28.46 
 
 		 666 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.25 
 
 		 739 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 728 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  27.45 
 
 		 724 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  27.89 
 
 		 733 aa  122  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.51 
 
 		 773 aa  122  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.68 
 
 		 688 aa  122  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.38 
 
 		 765 aa  122  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  31.19 
 
 		 789 aa  122  3.9999999999999996e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  27.87 
 
 		 734 aa  121  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  28.41 
 
 		 723 aa  121  6e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  28.14 
 
 		 721 aa  121  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  32.46 
 
 		 1232 aa  121  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 726 aa  121  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.41 
 
 		 745 aa  120  7.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.49 
 
 		 729 aa  120  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.88 
 
 		 731 aa  120  7.999999999999999e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.08 
 
 		 734 aa  120  7.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  30.56 
 
 		 721 aa  120  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  29 
 
 		 735 aa  120  9e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  28.2 
 
 		 641 aa  120  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  31.49 
 
 		 787 aa  120  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27 
 
 		 732 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 		 659 aa  120  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.5 
 
 		 688 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  27.62 
 
 		 728 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  27.62 
 
 		 728 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.42 
 
 		 864 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  28.34 
 
 		 721 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  28.34 
 
 		 721 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  30.66 
 
 		 726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  27.15 
 
 		 722 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  27.15 
 
 		 722 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 508 aa  119  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>