42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3308 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 718 aa  1472    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  53.75 
 
 		 714 aa  733    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  43.34 
 
 		 718 aa  579  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  40.08 
 
 		 720 aa  527  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  40.08 
 
 		 720 aa  527  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  38.99 
 
 		 723 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  39.92 
 
 		 720 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  38.34 
 
 		 720 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  37.97 
 
 		 720 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  38.34 
 
 		 720 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  38.06 
 
 		 720 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  38.95 
 
 		 723 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  40.06 
 
 		 720 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  39.19 
 
 		 716 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  34.53 
 
 		 736 aa  434  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  34.12 
 
 		 718 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  20.69 
 
 		 782 aa  58.9  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.99 
 
 		 991 aa  58.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4845  putative signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 		 568 aa  57.4  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.415309  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  23.86 
 
 		 1060 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 		 1261 aa  55.8  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  25.61 
 
 		 438 aa  55.5  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  20.33 
 
 		 1279 aa  55.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  24.91 
 
 		 421 aa  54.3  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  24.91 
 
 		 421 aa  54.3  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  21.03 
 
 		 985 aa  54.3  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  29.1 
 
 		 2145 aa  53.9  0.000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  22.52 
 
 		 957 aa  52.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  25.26 
 
 		 1550 aa  52.4  0.00003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  24.58 
 
 		 828 aa  51.6  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  26.15 
 
 		 809 aa  47.4  0.0009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0636  transcriptional activator  27.59 
 
 		 423 aa  47  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  20.99 
 
 		 1266 aa  46.6  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.57 
 
 		 945 aa  46.2  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1844  adenylate/guanylate cyclase  21.28 
 
 		 1153 aa  46.6  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  24.35 
 
 		 714 aa  45.4  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  25 
 
 		 695 aa  45.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  22.22 
 
 		 650 aa  45.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  20.08 
 
 		 1238 aa  45.1  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0229  histidine kinase  28.95 
 
 		 724 aa  45.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0610831  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  21.08 
 
 		 919 aa  44.7  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0461  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.94 
 
 		 1195 aa  44.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>