More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2161 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  100 
 
 		 299 aa  617  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  40.93 
 
 		 275 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  42.75 
 
 		 275 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  41.24 
 
 		 274 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  41.26 
 
 		 275 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  40.15 
 
 		 274 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  41.26 
 
 		 275 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  38.69 
 
 		 278 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  40.15 
 
 		 274 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  40.52 
 
 		 275 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  40.52 
 
 		 275 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 276 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  38.69 
 
 		 294 aa  202  8e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  40.71 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  40.78 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  38.7 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  38.89 
 
 		 288 aa  200  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  39.26 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  38 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  35.2 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  33.58 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  33.45 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.84 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  32.68 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  34.9 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  33.21 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  33.96 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  34.3 
 
 		 276 aa  162  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  34.35 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  33.85 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  33.85 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  33.85 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.91 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.91 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  31.91 
 
 		 332 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.91 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.91 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.91 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  31.91 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.53 
 
 		 287 aa  159  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.91 
 
 		 310 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  30.55 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.85 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  30.83 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.3 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.13 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  32.28 
 
 		 321 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  29.96 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  33.47 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.57 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 331 aa  132  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  31.73 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  27.2 
 
 		 265 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 265 aa  123  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 282 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  27.2 
 
 		 265 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.09 
 
 		 268 aa  122  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.74 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.47 
 
 		 275 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.04 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.43 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.68 
 
 		 266 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.18 
 
 		 280 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.68 
 
 		 262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.68 
 
 		 262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.68 
 
 		 262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  28.26 
 
 		 272 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.18 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  25.82 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.92 
 
 		 265 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.17 
 
 		 338 aa  112  6e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.15 
 
 		 338 aa  112  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.15 
 
 		 338 aa  112  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  26.92 
 
 		 363 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  26.4 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.2 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.4 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 337 aa  109  5e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  24.4 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 293 aa  109  7.000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>