More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0106 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
289 aa  597  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.72 
 
 
307 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
286 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.39 
 
 
300 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
292 aa  236  4e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
303 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
309 aa  228  7e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
297 aa  218  7e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.43 
 
 
298 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
285 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
288 aa  216  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
289 aa  211  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.57 
 
 
289 aa  210  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.57 
 
 
289 aa  210  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.88 
 
 
295 aa  203  2e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.02 
 
 
288 aa  201  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.19 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.55 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.69 
 
 
283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
293 aa  196  3e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.21 
 
 
311 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.94 
 
 
281 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
300 aa  192  6e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.85 
 
 
285 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.1 
 
 
296 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
284 aa  189  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
284 aa  188  8e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
284 aa  188  8e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
284 aa  188  8e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.44 
 
 
296 aa  187  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
291 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
278 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
295 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
284 aa  186  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
284 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.75 
 
 
296 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.06 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.1 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
314 aa  183  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
287 aa  183  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
287 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
297 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.8 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.43 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.6 
 
 
281 aa  179  5.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.92 
 
 
280 aa  178  8e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.1 
 
 
301 aa  178  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.73 
 
 
320 aa  178  9e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.03 
 
 
237 aa  178  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
246 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.95 
 
 
286 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
284 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.11 
 
 
291 aa  176  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
290 aa  175  9e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.7 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.05 
 
 
286 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.93 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.49 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.97 
 
 
291 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.39 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.23 
 
 
276 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.69 
 
 
301 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.93 
 
 
291 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
281 aa  171  1e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.01 
 
 
305 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.34 
 
 
280 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.26 
 
 
288 aa  169  4e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.69 
 
 
301 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.45 
 
 
369 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
301 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.77 
 
 
300 aa  169  7e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
297 aa  168  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
298 aa  168  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.56 
 
 
301 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  34.93 
 
 
294 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  34.93 
 
 
294 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.81 
 
 
298 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.01 
 
 
297 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.27 
 
 
295 aa  167  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.13 
 
 
302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.89 
 
 
298 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
308 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.27 
 
 
296 aa  166  5e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
297 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.35 
 
 
306 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.83 
 
 
295 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.85 
 
 
288 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.42 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.92 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.25 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.3 
 
 
389 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.13 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.52 
 
 
292 aa  163  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>