135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6277 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6277  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11907  normal  0.121957 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4380  hypothetical protein  53.72 
 
 		 306 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0261  NirV protein, putative  51.48 
 
 		 306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.394932  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0237  putative NirV protein  53.63 
 
 		 290 aa  317  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4272  hypothetical protein  49.37 
 
 		 289 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6827  putative nitrate reductase  44.14 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4624  protein of unknown function DUF323  44.75 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1596  hypothetical protein  45.67 
 
 		 284 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_3994  protein of unknown function DUF323  29.09 
 
 		 657 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0467  hypothetical protein  28.64 
 
 		 654 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3842  hypothetical protein  30.99 
 
 		 616 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.360861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0922  hypothetical protein  26.5 
 
 		 413 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3940  hypothetical protein  32.17 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0887  hypothetical protein  32.26 
 
 		 240 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2604  hypothetical protein  29.17 
 
 		 497 aa  67  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2718  hypothetical protein  30.48 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3768  hypothetical protein  32.28 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1894  protein of unknown function DUF323  26.99 
 
 		 523 aa  61.6  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4215  hypothetical protein  25.97 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.579009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1300  hypothetical protein  29.38 
 
 		 491 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.865676 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5333  protein of unknown function DUF323  29.89 
 
 		 570 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00984541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1679  hypothetical protein  28.57 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0897  hypothetical protein  29.69 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000129772  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3053  serine/threonine protein kinase  26.47 
 
 		 611 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454143  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0902  hypothetical protein  23.57 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.530608  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5032  hypothetical protein  26.8 
 
 		 535 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427193 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1040  protein of unknown function DUF323  28.65 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0229948  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0165  hypothetical protein  28.64 
 
 		 605 aa  57  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000147879  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0904  hypothetical protein  31.03 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000158237 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6898  protein of unknown function DUF323  37.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4081  hypothetical protein  26.44 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4092  hypothetical protein  30.56 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.189106  normal  0.479505 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2124  serine/threonine protein kinase  24.7 
 
 		 698 aa  55.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0821  hypothetical protein  34.55 
 
 		 624 aa  55.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33710  PvdO  24.46 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000619204  normal  0.0102341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1964  hypothetical protein  26.16 
 
 		 288 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00574868  normal  0.693869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1851  hypothetical protein  25.31 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1004  protein of unknown function DUF323  24.68 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.302602  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3068  serine/threonine protein kinase  25.35 
 
 		 621 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1976  protein of unknown function DUF323  28.57 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.300253  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1079  protein of unknown function DUF323  26.27 
 
 		 267 aa  53.9  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000235261  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25450  hypothetical protein  23.08 
 
 		 246 aa  53.1  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.873686  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3539  hypothetical protein  24.18 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2864  hypothetical protein  22.47 
 
 		 283 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0125  hypothetical protein  27.76 
 
 		 781 aa  53.1  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.871876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2378  protein of unknown function DUF323  23.93 
 
 		 433 aa  52.8  0.000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1696  hypothetical protein  29.73 
 
 		 751 aa  52.4  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0869805  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1155  protein of unknown function DUF323  27.8 
 
 		 328 aa  52.8  0.000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0094568 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2233  protein of unknown function DUF323  26.2 
 
 		 398 aa  52.8  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00201731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1944  protein of unknown function DUF323  28.19 
 
 		 829 aa  52.4  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.550405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0602  protein of unknown function DUF323  29.51 
 
 		 273 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0325143  normal  0.360547 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2479  protein of unknown function DUF323  26.18 
 
 		 398 aa  52  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2806  hypothetical protein  27.49 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.232459  normal  0.401097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1433  protein of unknown function DUF323  26.59 
 
 		 358 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331628 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4239  hypothetical protein  28.68 
 
 		 332 aa  49.7  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.779808  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2154  hypothetical protein  25 
 
 		 282 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0257018  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2222  serine/threonine protein kinase  28.84 
 
 		 1818 aa  49.3  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.943108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1169  protein of unknown function DUF323  25 
 
 		 279 aa  48.9  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5208  hypothetical protein  32.21 
 
 		 377 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4550  hypothetical protein  25.83 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.864231 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5651  hypothetical protein  32.21 
 
 		 421 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605277  normal  0.191588 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3248  hypothetical protein  28.28 
 
 		 416 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000238215  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2344  protein of unknown function DUF323  30.95 
 
 		 1190 aa  47.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2831  serine/threonine protein kinase  30.1 
 
 		 618 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.314695 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  32.14 
 
 		 1492 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2339  protein of unknown function DUF323  28.65 
 
 		 775 aa  48.1  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0460  serine/threonine protein kinase  29.33 
 
 		 620 aa  47.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3063  protein of unknown function DUF323  25.26 
 
 		 288 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.238173  normal  0.329072 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1183  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  37.18 
 
 		 910 aa  47.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0900  hypothetical protein  27.52 
 
 		 826 aa  47.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2689  hypothetical protein  30.56 
 
 		 781 aa  47  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.36496  decreased coverage  0.00230732 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3529  hypothetical protein  25.83 
 
 		 929 aa  47  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2681  hypothetical protein  34.19 
 
 		 337 aa  47  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3179  protein of unknown function DUF323  27.62 
 
 		 351 aa  47  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0052  protein of unknown function DUF323  31.51 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2134  hypothetical protein  28.57 
 
 		 384 aa  46.2  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00361005 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2788  hypothetical protein  25.56 
 
 		 446 aa  45.8  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3565  protein of unknown function DUF323  26.9 
 
 		 925 aa  45.8  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.233339 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1452  protein of unknown function DUF323  32.86 
 
 		 1053 aa  45.8  0.0009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1024  hypothetical protein  34.68 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.000193215  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2415  hypothetical protein  28.29 
 
 		 603 aa  45.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1041  hypothetical protein  34.68 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000747209  normal  0.145038 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1053  hypothetical protein  34.68 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.354672  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0378  Non-specific serine/threonine protein kinase  32.52 
 
 		 367 aa  45.4  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0527  hypothetical protein  31.82 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.537423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5096  protein of unknown function DUF323  31.11 
 
 		 375 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0856  hypothetical protein  31.43 
 
 		 923 aa  44.3  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2385  protein of unknown function DUF323  25.11 
 
 		 263 aa  44.7  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0211254  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6095  protein of unknown function DUF323  28.49 
 
 		 319 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3524  hypothetical protein  25.93 
 
 		 802 aa  45.1  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.316986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1144  hypothetical protein  32.09 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.617976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1490  hypothetical protein  30.3 
 
 		 742 aa  44.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00271295  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1204  protein of unknown function DUF323  27.05 
 
 		 330 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.578332 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5038  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00125296  normal  0.382388 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0670  protein of unknown function DUF323  26.52 
 
 		 654 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003599  hypothetical protein  25.85 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.218262  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2390  protein of unknown function DUF323  25.35 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0264886  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2673  hypothetical protein  36.97 
 
 		 351 aa  45.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2087  hypothetical protein  28.49 
 
 		 600 aa  44.3  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0221  protein of unknown function DUF323  26.04 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.411087  normal  0.267436 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>