More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2054 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
297 aa  604  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  72.16 
 
 
292 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  70.1 
 
 
292 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  71.28 
 
 
290 aa  435  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.94 
 
 
285 aa  309  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.29 
 
 
298 aa  306  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.89 
 
 
290 aa  292  6e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.93 
 
 
291 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  51.37 
 
 
310 aa  237  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  47.72 
 
 
321 aa  230  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  47.16 
 
 
298 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  46.26 
 
 
296 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  46.34 
 
 
296 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  45.8 
 
 
296 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  46.5 
 
 
295 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  41.58 
 
 
300 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  41.78 
 
 
305 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.11 
 
 
298 aa  208  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  38.38 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  38.38 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  41.46 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  40.59 
 
 
306 aa  194  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  42.14 
 
 
306 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  40.3 
 
 
288 aa  187  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  42.48 
 
 
323 aa  186  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.75 
 
 
290 aa  185  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.93 
 
 
291 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  40.15 
 
 
291 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  39.93 
 
 
291 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  41.26 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  40.7 
 
 
289 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.31 
 
 
289 aa  172  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.36 
 
 
325 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  41.34 
 
 
308 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  46.33 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  41.09 
 
 
289 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  36.7 
 
 
318 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.07 
 
 
286 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.3 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  39.64 
 
 
301 aa  152  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  46.67 
 
 
287 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.15 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.15 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.98 
 
 
286 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.2 
 
 
309 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  38.11 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.1 
 
 
299 aa  132  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.5 
 
 
506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.82 
 
 
328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.43 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.2 
 
 
290 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1724  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.23 
 
 
327 aa  123  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.68 
 
 
306 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.76 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  38.53 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.86 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
300 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
300 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.36 
 
 
300 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0225  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.91 
 
 
306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.26 
 
 
304 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.74 
 
 
300 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.51 
 
 
298 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.25 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.77 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.99 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.08 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.25 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.25 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1348  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.83 
 
 
275 aa  117  3e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.98 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.99 
 
 
294 aa  116  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.4 
 
 
300 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2156  ribosomal L11 methyltransferase  41.03 
 
 
296 aa  115  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.88 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.5 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.68 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  38.67 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.58 
 
 
295 aa  112  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06940  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.4 
 
 
292 aa  112  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174775  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.49 
 
 
300 aa  112  8.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0972  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.25 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3080  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.28 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  31.54 
 
 
283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0373  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.5 
 
 
292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0981448 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0194  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.5 
 
 
292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  39.07 
 
 
253 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0096  ribosomal L11 methyltransferase  35.37 
 
 
303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0996  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.48 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 
300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.28 
 
 
302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.81 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  38.79 
 
 
283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.86 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174777  unclonable  0.000000000413669 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2327  ribosomal L11 methyltransferase  33.33 
 
 
285 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>