212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0355 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0355  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
341 aa  704    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3671  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  98.83 
 
 
341 aa  697    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.669909  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0349  periplasmic sugar-binding protein, putative  81.23 
 
 
348 aa  579  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.748308  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4134  periplasmic sugar-binding protein, putative  69.32 
 
 
342 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3939  periplasmic sugar-binding protein, putative  69.32 
 
 
342 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4037  periplasmic sugar-binding protein, putative  68.44 
 
 
342 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4015  periplasmic sugar-binding protein, putative  68.44 
 
 
342 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3287  periplasmic sugar-binding protein  50.15 
 
 
337 aa  348  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4172  periplasmic sugar-binding protein, putative  48.24 
 
 
348 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2372  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.68 
 
 
358 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3323  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.68 
 
 
358 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.34 
 
 
358 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1979  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.68 
 
 
358 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744859  normal  0.0549278 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.1 
 
 
366 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00186046  normal  0.396691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4053  periplasmic sugar-binding protein, putative  32.27 
 
 
387 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299221  normal  0.087362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.32 
 
 
357 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2731  periplasmic sugar-binding domain protein  29.91 
 
 
357 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2463  sugar-binding domain-containing protein  29.63 
 
 
366 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155285  hitchhiker  0.00853045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2881  periplasmic sugar-binding protein, putative  29.55 
 
 
367 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333959  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3835  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.69 
 
 
388 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0841  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.6 
 
 
399 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 
904 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3327  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.75 
 
 
321 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.888575  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  23.2 
 
 
311 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  23.2 
 
 
311 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  23.2 
 
 
311 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  23.2 
 
 
311 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  23.2 
 
 
313 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.82 
 
 
320 aa  57  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  28 
 
 
316 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.22 
 
 
322 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1223  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.73 
 
 
342 aa  53.1  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.999664  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.69 
 
 
371 aa  53.1  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  25.33 
 
 
310 aa  52.8  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.03 
 
 
330 aa  52.8  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32.38 
 
 
339 aa  52.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.37 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1582  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.93 
 
 
311 aa  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000317911  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
316 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.54 
 
 
316 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.5 
 
 
316 aa  51.2  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.223477  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
316 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
316 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.24 
 
 
320 aa  51.2  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2239  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.62 
 
 
343 aa  50.8  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.02 
 
 
313 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  28.3 
 
 
351 aa  50.4  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.02 
 
 
313 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.48 
 
 
320 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.591469  normal  0.698974 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1720  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.48 
 
 
320 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000157019  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
320 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 
338 aa  50.1  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.16 
 
 
319 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.03 
 
 
316 aa  49.3  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  30.16 
 
 
320 aa  49.3  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
316 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  29.37 
 
 
343 aa  48.9  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2909  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.73 
 
 
320 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
316 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.46 
 
 
319 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2238  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.62 
 
 
306 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0442154  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  30 
 
 
335 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1249  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  20.73 
 
 
320 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  31.03 
 
 
320 aa  48.1  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0266  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  33.02 
 
 
341 aa  48.5  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1986  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
313 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277686  normal  0.0546729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1988  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
313 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188386  hitchhiker  0.000242477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2073  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
313 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.269264  hitchhiker  0.00000246592 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2147  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 
313 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0159332  normal  0.228113 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  44.44 
 
 
333 aa  48.5  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  29.01 
 
 
340 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5265  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.91 
 
 
322 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.108745  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  24.28 
 
 
289 aa  47.8  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  26.83 
 
 
335 aa  47.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00090  ABC-type sugar transport system periplasmic component  30.43 
 
 
276 aa  47.8  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.67 
 
 
330 aa  47.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.17 
 
 
376 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0598  putative sucrose operon repressor ScrR  29.17 
 
 
330 aa  47.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00468324  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0970  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.63 
 
 
318 aa  47.4  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2473  periplasmic substrate-binding protein  27.62 
 
 
306 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.265832  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
359 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000111961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.14 
 
 
322 aa  47  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.17 
 
 
320 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.96 
 
 
339 aa  47  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  25.96 
 
 
339 aa  47  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.62 
 
 
312 aa  47  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.17 
 
 
320 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  28.45 
 
 
312 aa  47  0.0005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4112  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  33.96 
 
 
340 aa  47  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
349 aa  46.6  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 
318 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  28.36 
 
 
334 aa  46.6  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  32.99 
 
 
356 aa  46.6  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.54 
 
 
361 aa  46.6  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.216683  normal  0.449313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2059  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.38 
 
 
313 aa  46.6  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.88 
 
 
345 aa  46.6  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000045016  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  32.14 
 
 
319 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.53 
 
 
319 aa  46.6  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.158898  normal  0.129182 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 
318 aa  46.6  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>