More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1249 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1249  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  100 
 
 
320 aa  650    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2909  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  99.69 
 
 
320 aa  647    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2685  transcriptional regulators-like protein  97.19 
 
 
319 aa  609  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139219  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4771  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  74.14 
 
 
319 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.1 
 
 
316 aa  329  4e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.223477  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5265  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  47.19 
 
 
322 aa  318  7e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.108745  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4261  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  47.59 
 
 
316 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0302326  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3408  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  47.35 
 
 
320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2242  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  50 
 
 
321 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.853779  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0964  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  50.34 
 
 
320 aa  298  8e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0544  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  47.97 
 
 
320 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0546563  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3673  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  50.34 
 
 
320 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.475948  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3407  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  45.62 
 
 
315 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.68481  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0546  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  47.3 
 
 
320 aa  291  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3705  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  46.43 
 
 
315 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838921  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4864  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  48.32 
 
 
321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.39 
 
 
330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.82 
 
 
322 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10520  monosaccharide-binding protein  32.19 
 
 
366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.2 
 
 
354 aa  125  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.79248 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.91 
 
 
295 aa  122  6e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3849  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.16 
 
 
354 aa  122  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.65 
 
 
333 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  32.1 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  31.56 
 
 
289 aa  112  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2399  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.97 
 
 
351 aa  110  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1353  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.73 
 
 
360 aa  109  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.146603  normal  0.383491 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0691  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 
335 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0990716 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3728  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.73 
 
 
351 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.524714  normal  0.0159805 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.37 
 
 
311 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  27.83 
 
 
296 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  27.83 
 
 
296 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  29.26 
 
 
296 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
294 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
294 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  27.83 
 
 
296 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  29.13 
 
 
296 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  32.75 
 
 
308 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.92 
 
 
311 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  27.83 
 
 
296 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.41 
 
 
316 aa  102  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8257  periplasmic ribose-binding protein  27.76 
 
 
353 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
295 aa  102  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.82 
 
 
319 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.73 
 
 
318 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  29.8 
 
 
296 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
295 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  31.18 
 
 
337 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  26.27 
 
 
326 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11060  monosaccharide-binding protein  28.93 
 
 
347 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  31.28 
 
 
319 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.31 
 
 
321 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  30.08 
 
 
299 aa  99  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.65 
 
 
376 aa  99  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.65 
 
 
320 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.29 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 
328 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.65 
 
 
320 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  26.71 
 
 
296 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  30.33 
 
 
294 aa  97.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.99 
 
 
321 aa  97.8  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  30.26 
 
 
318 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.73 
 
 
319 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  30.11 
 
 
320 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  27.94 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.83 
 
 
328 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.11 
 
 
320 aa  96.7  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.33 
 
 
292 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  28.68 
 
 
327 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  29.91 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.33 
 
 
320 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  29.33 
 
 
292 aa  95.1  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  30.26 
 
 
319 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  30.26 
 
 
319 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 
321 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.82 
 
 
319 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 
315 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.44 
 
 
316 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.97 
 
 
316 aa  92.8  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.44 
 
 
316 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.67 
 
 
308 aa  92.8  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.63 
 
 
310 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 
320 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.97 
 
 
316 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.97 
 
 
316 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.97 
 
 
316 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.97 
 
 
316 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4318  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 
322 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0871118  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  28.74 
 
 
292 aa  89.7  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  30.37 
 
 
320 aa  89.7  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.73 
 
 
319 aa  89.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>