More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4864 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4864  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
321 aa  648    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3673  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  80.2 
 
 
320 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.475948  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2242  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  77.17 
 
 
321 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.853779  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0964  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  80.54 
 
 
320 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  74.06 
 
 
330 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  61.86 
 
 
316 aa  378  1e-104  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.223477  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4771  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  51.5 
 
 
319 aa  298  7e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2685  transcriptional regulators-like protein  48 
 
 
319 aa  285  9e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139219  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1249  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  48.47 
 
 
320 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2909  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.47 
 
 
320 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5265  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  45.31 
 
 
322 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.108745  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3407  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  45.28 
 
 
315 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.68481  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3705  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  45.28 
 
 
315 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838921  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3408  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  43.71 
 
 
320 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4261  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  43.53 
 
 
316 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0302326  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0544  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  43.92 
 
 
320 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0546563  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0546  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  43.58 
 
 
320 aa  247  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.41 
 
 
322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  32.52 
 
 
309 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.52 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  30.26 
 
 
307 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
321 aa  113  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  31.07 
 
 
310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.8 
 
 
354 aa  105  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.79248 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.62 
 
 
322 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2171  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.46 
 
 
343 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.982265  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 
333 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6712  ABC transporter  29.07 
 
 
315 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.169373 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
315 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3849  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 
354 aa  102  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2371  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.5 
 
 
341 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1353  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.21 
 
 
360 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.146603  normal  0.383491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  29.78 
 
 
315 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  31 
 
 
308 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 
319 aa  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11060  monosaccharide-binding protein  28.24 
 
 
347 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.32 
 
 
309 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.96 
 
 
311 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10520  monosaccharide-binding protein  31.48 
 
 
366 aa  99.8  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 
309 aa  99.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00405542  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  27.53 
 
 
313 aa  99.4  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.82 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.88 
 
 
309 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2781  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 
349 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 
349 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.0535027 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2808  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 
349 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.122332  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8257  periplasmic ribose-binding protein  29.61 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 
359 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000111961 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3728  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.85 
 
 
351 aa  95.9  8e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.524714  normal  0.0159805 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4318  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 
322 aa  95.9  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0871118  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
311 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28.64 
 
 
289 aa  94.4  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.18 
 
 
296 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2780  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.09 
 
 
351 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.585093  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0266  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  27.8 
 
 
341 aa  93.6  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.09 
 
 
351 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0298901 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2807  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.09 
 
 
351 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104692  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  26.82 
 
 
308 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2399  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.95 
 
 
351 aa  93.2  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2790  bifunctional carbohydrate binding and transport protein  26.59 
 
 
312 aa  92.8  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.614175 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.78 
 
 
312 aa  92  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.8 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.28 
 
 
361 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.216683  normal  0.449313 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 
326 aa  90.5  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.15 
 
 
333 aa  90.9  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3428  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.85 
 
 
377 aa  90.1  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00746761  hitchhiker  0.000105285 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3126  monosaccharide-transporting ATPase  27.39 
 
 
310 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.24 
 
 
316 aa  89.7  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.52 
 
 
317 aa  89.7  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  29.96 
 
 
299 aa  89.4  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1761  sugar binding protein precursor  28.3 
 
 
305 aa  89.4  8e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0787937  hitchhiker  0.0000489999 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1611  monosaccharide-transporting ATPase  28.3 
 
 
305 aa  89.4  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1507  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.3 
 
 
305 aa  89.4  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00381532  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  26.42 
 
 
292 aa  89.4  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1486  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.28 
 
 
342 aa  88.6  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  27.03 
 
 
306 aa  89  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26220  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator protein  25.62 
 
 
308 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.8 
 
 
322 aa  87.8  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3058  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.21 
 
 
370 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0062327 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 
940 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.57 
 
 
306 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2666  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.61 
 
 
372 aa  87  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.157111  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  27.91 
 
 
292 aa  87  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  30.12 
 
 
296 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.39 
 
 
310 aa  87  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  31.17 
 
 
327 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
294 aa  86.3  7e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
294 aa  86.3  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  28.78 
 
 
311 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  28.78 
 
 
311 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  28.78 
 
 
311 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22080  periplasmic sugar-binding protein  28.87 
 
 
333 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.16 
 
 
328 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  28.78 
 
 
311 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>