More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4184 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
359 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000111961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  82.07 
 
 
361 aa  615  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.216683  normal  0.449313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2379  hypothetical protein  39.78 
 
 
370 aa  262  6.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.625512  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3428  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.74 
 
 
377 aa  178  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00746761  hitchhiker  0.000105285 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  32.12 
 
 
295 aa  133  6e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  32.35 
 
 
307 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.45 
 
 
322 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.78 
 
 
311 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 
321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28.89 
 
 
289 aa  113  6e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  31.87 
 
 
315 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.81 
 
 
292 aa  106  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2781  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.37 
 
 
349 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2808  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.37 
 
 
349 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.122332  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.37 
 
 
349 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.0535027 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2780  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 
351 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.585093  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2807  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 
351 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104692  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 
351 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0298901 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.02 
 
 
292 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  29.63 
 
 
294 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4198  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.47 
 
 
308 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  28.99 
 
 
295 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  29.5 
 
 
295 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.59 
 
 
308 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  27.91 
 
 
292 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.02 
 
 
292 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.51 
 
 
320 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.23 
 
 
362 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0726472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.68 
 
 
330 aa  99.8  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.1 
 
 
312 aa  99.4  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  27.76 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.14 
 
 
296 aa  98.6  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.2 
 
 
315 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  30.12 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  30.12 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  30.12 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  30.12 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  30.12 
 
 
296 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  26.17 
 
 
306 aa  96.3  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4864  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.76 
 
 
321 aa  96.3  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  30.19 
 
 
307 aa  96.3  8e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26220  Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator protein  32.78 
 
 
308 aa  95.1  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  29.34 
 
 
296 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.16 
 
 
358 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
294 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
294 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  29.46 
 
 
296 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
296 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.76 
 
 
297 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.56 
 
 
353 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
296 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2074  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  36.76 
 
 
297 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  29.46 
 
 
296 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0810  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  36.76 
 
 
297 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1101  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  36.76 
 
 
297 aa  93.2  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  29.46 
 
 
296 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0362  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  36.76 
 
 
342 aa  92.8  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1793  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  36.76 
 
 
342 aa  92.8  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  29.84 
 
 
296 aa  92.8  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0457  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  36.76 
 
 
342 aa  92.8  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  29.7 
 
 
326 aa  92.8  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  29.46 
 
 
296 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.89 
 
 
309 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.54 
 
 
316 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.31 
 
 
319 aa  92.4  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  27.63 
 
 
296 aa  92.4  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0964  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32.05 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.88 
 
 
333 aa  92  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.83 
 
 
317 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.13 
 
 
301 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.3 
 
 
330 aa  90.9  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.85 
 
 
311 aa  90.5  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  26.62 
 
 
311 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  29.21 
 
 
307 aa  90.1  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  23.66 
 
 
310 aa  90.5  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3673  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.2 
 
 
320 aa  90.1  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.475948  normal  0.0840076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  26.62 
 
 
311 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  26.62 
 
 
311 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2242  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.06 
 
 
321 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.853779  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  26.62 
 
 
311 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  29.43 
 
 
312 aa  89.7  8e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.59 
 
 
311 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.46 
 
 
308 aa  89  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50130  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  28.05 
 
 
308 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  26.28 
 
 
313 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.1 
 
 
308 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.1 
 
 
308 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
317 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382931  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  28.4 
 
 
308 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2371  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.92 
 
 
341 aa  86.7  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.73 
 
 
308 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  28.92 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.56 
 
 
328 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
306 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  34.23 
 
 
445 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1399  rhizopine-binding protein precursor  35.04 
 
 
328 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000528006  normal  0.827429 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22080  periplasmic sugar-binding protein  32.06 
 
 
333 aa  84  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  27.57 
 
 
327 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0500  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.21 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779206 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2121  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.93 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.173687  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>