181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3399 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  68.44 
 
 		 719 aa  1038    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  50.07 
 
 		 714 aa  697    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  74.01 
 
 		 716 aa  1097    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  48.41 
 
 		 712 aa  653    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  50.53 
 
 		 715 aa  704    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  74.13 
 
 		 708 aa  1105    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  51.13 
 
 		 714 aa  762    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  100 
 
 		 713 aa  1476    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  50.23 
 
 		 715 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  41.86 
 
 		 764 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  41.67 
 
 		 764 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  41.87 
 
 		 787 aa  555  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  41.08 
 
 		 726 aa  554  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  40.23 
 
 		 764 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  41.85 
 
 		 752 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  41.13 
 
 		 788 aa  547  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  39.12 
 
 		 749 aa  538  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  41.29 
 
 		 728 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  40.06 
 
 		 763 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  35.44 
 
 		 884 aa  430  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.41 
 
 		 687 aa  430  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  36.8 
 
 		 710 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  36.8 
 
 		 710 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  36.8 
 
 		 710 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  36.8 
 
 		 710 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  35.7 
 
 		 713 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  36.08 
 
 		 681 aa  421  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  35.77 
 
 		 703 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  36.66 
 
 		 872 aa  418  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  35.8 
 
 		 743 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  35.78 
 
 		 715 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  34.97 
 
 		 873 aa  411  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  35.12 
 
 		 873 aa  411  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  35.92 
 
 		 702 aa  412  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  35.92 
 
 		 886 aa  408  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  36.02 
 
 		 692 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  33.48 
 
 		 727 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  35.34 
 
 		 872 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  35.04 
 
 		 887 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  35.04 
 
 		 887 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  33.57 
 
 		 897 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  32.34 
 
 		 699 aa  368  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  50.79 
 
 		 625 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  31.28 
 
 		 704 aa  344  4e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  31.04 
 
 		 758 aa  343  5e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  31.27 
 
 		 705 aa  340  5e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  30.55 
 
 		 701 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  33.58 
 
 		 727 aa  310  5e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  30.24 
 
 		 696 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  32.69 
 
 		 480 aa  92  4e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.9 
 
 		 357 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  29.9 
 
 		 357 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.2 
 
 		 229 aa  80.1  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  29.9 
 
 		 357 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  29.9 
 
 		 357 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.9 
 
 		 357 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.9 
 
 		 357 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.9 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.9 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  29.9 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29 
 
 		 444 aa  78.6  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.27 
 
 		 368 aa  76.6  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.51 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.42 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  31.11 
 
 		 373 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  25.93 
 
 		 453 aa  70.5  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  27.71 
 
 		 480 aa  69.7  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  28.36 
 
 		 334 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  28.05 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.26 
 
 		 181 aa  67  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  28.19 
 
 		 277 aa  65.9  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.37 
 
 		 240 aa  65.5  0.000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  31.69 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  34.97 
 
 		 572 aa  64.7  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  27.89 
 
 		 360 aa  64.7  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  23.38 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.51 
 
 		 243 aa  62.4  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1479  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  27.81 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00732489  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.98 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.5 
 
 		 591 aa  60.1  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.68 
 
 		 404 aa  60.1  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1742  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.12 
 
 		 298 aa  60.1  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.463173  normal  0.0170059 
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  29.6 
 
 		 406 aa  59.3  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  28.88 
 
 		 397 aa  59.7  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  26.83 
 
 		 233 aa  60.1  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.83 
 
 		 233 aa  59.7  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1343  FMN-binding domain-containing protein  28.34 
 
 		 397 aa  58.9  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000579258  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.06 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1785  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.35 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1409  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.72 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1083  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  25.14 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0590058 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.1 
 
 		 507 aa  58.2  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.58 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2869  FMN-binding domain protein  26.19 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00242086  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.95 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.27 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1000  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.04 
 
 		 321 aa  57.4  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.59 
 
 		 404 aa  57  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000637603 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>