More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3901 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  65.91 
 
 		 221 aa  302  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  63.8 
 
 		 221 aa  293  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  63.8 
 
 		 221 aa  293  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  63.8 
 
 		 221 aa  293  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  60 
 
 		 220 aa  271  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  59.09 
 
 		 220 aa  270  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  58.18 
 
 		 220 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.18 
 
 		 220 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  61.09 
 
 		 221 aa  266  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.37 
 
 		 220 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5019  two component transcriptional regulator  61.09 
 
 		 221 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14757  normal  0.102893 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 220 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2598  two component transcriptional regulator  59.55 
 
 		 221 aa  257  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.0460703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3404  response regulator transcription regulator protein  59.09 
 
 		 221 aa  256  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.09 
 
 		 221 aa  255  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.09 
 
 		 221 aa  255  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 220 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  57.92 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  57.92 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 		 225 aa  239  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  57.92 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  57.92 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  57.92 
 
 		 220 aa  239  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 224 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.88 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 		 220 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 		 224 aa  238  5e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  57.99 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  57.53 
 
 		 283 aa  234  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 219 aa  234  9e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 		 219 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.79 
 
 		 227 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 221 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  49.77 
 
 		 219 aa  223  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 210 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 219 aa  222  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  46.19 
 
 		 232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  48.48 
 
 		 246 aa  219  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 242 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  45.74 
 
 		 223 aa  218  6e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  48.91 
 
 		 235 aa  218  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3110  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.178244 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.05 
 
 		 279 aa  214  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.05 
 
 		 244 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.86 
 
 		 218 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 222 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4098  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.25 
 
 		 219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  52.04 
 
 		 255 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  50.47 
 
 		 225 aa  211  9e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  50.47 
 
 		 225 aa  211  9e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 221 aa  208  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1597  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 		 224 aa  208  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 220 aa  207  8e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 220 aa  207  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 220 aa  207  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  51.13 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  51.13 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  51.13 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  51.13 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  51.13 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  51.13 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  45.5 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 235 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 220 aa  204  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 220 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  45.25 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 223 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4983  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.36 
 
 		 218 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  44.8 
 
 		 220 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 220 aa  200  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 221 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 220 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 222 aa  198  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  47.98 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 239 aa  194  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  48.86 
 
 		 220 aa  194  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 221 aa  194  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6029  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 222 aa  194  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.167629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2786  response regulator  43.93 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.95 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.95 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.95 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.95 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>