More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3675 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3675  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 418 aa  857    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2252  histidine kinase  40.59 
 
 		 410 aa  301  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1973  histidine kinase  37.2 
 
 		 422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.73664 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2810  histidine kinase  39.37 
 
 		 425 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2061  putative two-component sensor  36.16 
 
 		 431 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24340  putative two-component sensor  34.88 
 
 		 431 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2297  Signal transduction histidine kinase-like  31.72 
 
 		 446 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0247505  hitchhiker  0.000082991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3576  histidine kinase A domain-containing protein  30.77 
 
 		 406 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2444  Signal transduction histidine kinase-like  28.22 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.215818 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2610  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 		 421 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.69998 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3797  ATPase domain-containing protein  26.89 
 
 		 413 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4622  sensor histidine kinase  32.71 
 
 		 413 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4195  histidine kinase A domain-containing protein  29.01 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4327  histidine kinase A domain-containing protein  28.5 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0692  histidine kinase A domain-containing protein  27.63 
 
 		 404 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2523  sensor histidine kinase  26.41 
 
 		 435 aa  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.311676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2720  sensor histidine kinase  27.18 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1930  histidine kinase  32.75 
 
 		 434 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.824341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2642  sensor histidine kinase  27.61 
 
 		 416 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.244154  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4951  putative two-component sensor  30.64 
 
 		 426 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4373  sensor histidine kinase ColS  27.27 
 
 		 429 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4069  sensor histidine kinase  28.13 
 
 		 429 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00769633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56940  putative two-component sensor  31.7 
 
 		 426 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2991  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0597631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2374  sensor histidine kinase  27.44 
 
 		 434 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.171494  normal  0.151024 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0711  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.22 
 
 		 422 aa  94  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4497  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 424 aa  94  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000269755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3318  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 420 aa  93.2  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1866  sensor histidine kinase  27.27 
 
 		 421 aa  92.4  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02305  two-component system sensor protein  28.88 
 
 		 418 aa  92.4  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3631  histidine kinase  28.36 
 
 		 449 aa  92.4  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02793  histidine kinase  28.1 
 
 		 426 aa  92.8  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2477  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 422 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339832  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4638  sensor histidine kinase  32.8 
 
 		 430 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3180  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.01 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4006  histidine kinase A domain-containing protein  31.72 
 
 		 413 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2833  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 437 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.643319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0941  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 		 436 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0902  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 		 447 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3301  histidine kinase  26.32 
 
 		 439 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1725  two component sensor histidine kinase  26.26 
 
 		 420 aa  87.4  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120171  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2130  histidine kinase  27.86 
 
 		 411 aa  87.4  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4485  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 		 436 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960944 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0970  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 		 436 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003061  two-component system sensor protein  28.21 
 
 		 429 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0334  histidine kinase  25.86 
 
 		 418 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000559138  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.56 
 
 		 439 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05571  sensory transduction protein kinase  25.81 
 
 		 413 aa  84.3  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 		 445 aa  84  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0159551  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1046  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 		 444 aa  84  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0619  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.45 
 
 		 430 aa  84  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal  0.27324 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2105  two-component system, sensor protein  30.15 
 
 		 445 aa  83.6  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3403  two-component sensor kinase transcription regulator protein  25.19 
 
 		 446 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1030  histidine kinase  25.4 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.836788 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17790  sensory histidine protein kinase, two-component, ColS  32.71 
 
 		 421 aa  82.8  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000017519 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001594  two-component system sensor protein  22.56 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000479105  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0818  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 413 aa  79.7  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.423553  normal  0.73839 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0147  signal transduction histidine kinase-like protein  26.34 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2123  sensor histidine kinase  29.22 
 
 		 454 aa  79.3  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04658  two-component system sensor protein  25.81 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0314695  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2673  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 		 452 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.319226  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3010  histidine kinase A domain-containing protein  32.34 
 
 		 420 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728657  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 		 468 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0417  putative sensor kinase protein  26.25 
 
 		 391 aa  76.6  0.0000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0653  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.66 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 475 aa  76.3  0.0000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1397  Signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 		 513 aa  76.3  0.0000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000010063  hitchhiker  4.02057e-23 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.05 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2599  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 450 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0620227 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1243  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 438 aa  75.5  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13796  two component sensor kinase  29 
 
 		 506 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0887286 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0707  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.3 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11680  signal transduction histidine kinase  23.34 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.889149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4507  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 501 aa  73.9  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04467  two-component system (histidine kinase) sensor protein requried for AvrXa21 activity H (raxH)  28.75 
 
 		 420 aa  73.9  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1923  histidine kinase  25.6 
 
 		 468 aa  73.6  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5573  sensor histidine kinase  32.14 
 
 		 428 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0259  histidine kinase  25.66 
 
 		 518 aa  72.4  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00340  signal transduction histidine kinase  23 
 
 		 500 aa  72.4  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00418447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.18 
 
 		 534 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.222647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1163  Signal transduction histidine kinase sensor  25.65 
 
 		 437 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 458 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2660  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6232  histidine kinase  28.18 
 
 		 459 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0016  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 479 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1970  hypothetical protein  24.55 
 
 		 449 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.310408  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2700  histidine kinase  24.17 
 
 		 468 aa  70.1  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5325  sensor histidine kinase  25.69 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769735  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3282  histidine kinase  26.55 
 
 		 483 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49440  sensory histidine protein kinase TctE  25.34 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2473  heavy metal sensor kinase  29.55 
 
 		 455 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31490  signal transduction histidine kinase  26 
 
 		 545 aa  68.9  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.168456  normal  0.695383 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3439  Signal transduction histidine kinase-like  27.15 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000359307 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2139  histidine kinase  24.36 
 
 		 476 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.055432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0285  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 470 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.723089  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0803  histidine kinase  32.34 
 
 		 497 aa  68.9  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3082  two component sensor histidine kinase  27.24 
 
 		 477 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2731  twp-component sensor histidine kinase  25 
 
 		 422 aa  68.6  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1229  sensor histidine kinase  32.17 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.131746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>