263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2112 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2112  hydrogenase expression/formation protein HypE  100 
 
 		 335 aa  686    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0674973  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1756  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.38 
 
 		 336 aa  556  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2090  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.44 
 
 		 339 aa  555  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1813  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.44 
 
 		 339 aa  552  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2164  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.85 
 
 		 339 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.432245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1912  hydrogenase expression/formation protein HypE  80.06 
 
 		 338 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0436639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1880  hydrogenase expression/formation protein HypE  79.76 
 
 		 338 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2414  hydrogenase expression/formation protein HypE  79.15 
 
 		 338 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108195 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1905  hydrogenase expression/formation protein HypE  79.76 
 
 		 338 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.224357  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1868  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.55 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1833  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.55 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1899  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.95 
 
 		 338 aa  546  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371927 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2024  hydrogenase expression/formation protein HypE  75.45 
 
 		 338 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1670  hydrogenase expression/formation protein HypE  72.37 
 
 		 334 aa  494  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2040  hydrogenase expression/formation protein HypE  59.58 
 
 		 335 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1426  hydrogenase expression/formation protein HypE  58.01 
 
 		 332 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.505922  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1095  hydrogenase expression/formation protein HypE  59.04 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1093  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.66 
 
 		 330 aa  355  3.9999999999999996e-97  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.823142  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0930  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.5 
 
 		 336 aa  356  3.9999999999999996e-97  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.857823  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1890  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.76 
 
 		 330 aa  347  1e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0881  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.78 
 
 		 390 aa  338  9.999999999999999e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3879  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.11 
 
 		 367 aa  336  2.9999999999999997e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.18841  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0048  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.94 
 
 		 328 aa  332  6e-90  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.273112  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0788  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.24 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.571655  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4606  hydrogenase expression/formation protein HypE  50 
 
 		 367 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1761  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.1 
 
 		 345 aa  324  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0473  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.11 
 
 		 366 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  0.610083 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0556  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.82 
 
 		 344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1782  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.5 
 
 		 347 aa  319  5e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075887  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1640  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.73 
 
 		 345 aa  315  5e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0538  putative hydrogenase expression/formation protein HypE  49.55 
 
 		 348 aa  315  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0655  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.8 
 
 		 324 aa  315  6e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0729  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.8 
 
 		 324 aa  315  7e-85  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.344084  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0797  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.32 
 
 		 368 aa  315  9.999999999999999e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.10297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2048  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.55 
 
 		 347 aa  312  4.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1043  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.19 
 
 		 324 aa  312  4.999999999999999e-84  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.606873  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0725  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.48 
 
 		 347 aa  311  6.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1077  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.77 
 
 		 336 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.26154  normal  0.1511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2439  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.06 
 
 		 337 aa  306  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1210  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.76 
 
 		 336 aa  306  3e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0706315 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0363  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.9 
 
 		 340 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1243  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.05 
 
 		 345 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1454  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.18 
 
 		 347 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.631935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0475  hydrogenase maturation  48.38 
 
 		 356 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254195 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0140  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.89 
 
 		 333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00214828  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1741  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.36 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3013  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.42 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0465  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.99 
 
 		 337 aa  302  5.000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.512312  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1420  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.04 
 
 		 342 aa  301  8.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3203  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.93 
 
 		 336 aa  301  9e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2656  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.88 
 
 		 341 aa  296  4e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2277  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.99 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2797  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.65 
 
 		 348 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.990811  normal  0.141163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3320  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.65 
 
 		 348 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1435  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.85 
 
 		 335 aa  293  4e-78  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00442446  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3877  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.7 
 
 		 344 aa  293  4e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2524  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.76 
 
 		 342 aa  292  5e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.021804  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3018  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.75 
 
 		 336 aa  291  9e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3047  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.94 
 
 		 336 aa  291  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.552535  hitchhiker  0.00562137 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2855  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.75 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.431476 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3011  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.65 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3063  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.65 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0621596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3982  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.45 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2596  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.19 
 
 		 351 aa  290  2e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.547599  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4510  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.78 
 
 		 337 aa  290  3e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.554082  normal  0.411575 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4556  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.93 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0959  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.45 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0982  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.45 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.377533 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2867  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.45 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1217  hydrogenase maturation factor  45.65 
 
 		 335 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.578228  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3147  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.45 
 
 		 336 aa  288  6e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2980  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.35 
 
 		 336 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3168  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.35 
 
 		 336 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.707243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2187  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.59 
 
 		 354 aa  285  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  normal  0.295855 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3750  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.29 
 
 		 355 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1164  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.34 
 
 		 352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3795  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.99 
 
 		 352 aa  284  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.717086  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1704  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.92 
 
 		 350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.337224 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08030  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.67 
 
 		 355 aa  282  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3686  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.15 
 
 		 348 aa  281  9e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0975  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.7 
 
 		 352 aa  279  5e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.905159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4015  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.71 
 
 		 336 aa  279  5e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.734576  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03920  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.47 
 
 		 334 aa  277  1e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3902  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.09 
 
 		 336 aa  277  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3361  hypothetical protein  46.13 
 
 		 340 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2536  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.11 
 
 		 352 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50440  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.14 
 
 		 341 aa  275  9e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.081583  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02580  carbamoyl phosphate phosphatase, hydrogenase 3 maturation protein  46.15 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3633  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.5 
 
 		 330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02545  hypothetical protein  46.15 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1093  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.41 
 
 		 333 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3824  Hydrogenase maturation factor-like protein  46.08 
 
 		 446 aa  271  8.000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.478029  normal  0.0729982 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0510  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.88 
 
 		 340 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1799  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.27 
 
 		 343 aa  271  1e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0201119 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3112  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.21 
 
 		 351 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2161  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.88 
 
 		 340 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal  0.073432 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1540  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.71 
 
 		 349 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000883886  normal  0.111823 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2391  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.81 
 
 		 352 aa  270  2.9999999999999997e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0305  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.25 
 
 		 341 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3758  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.17 
 
 		 348 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>