More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1756 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1756  hydrogenase expression/formation protein HypE  100 
 
 		 336 aa  686    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1899  hydrogenase expression/formation protein HypE  82.18 
 
 		 338 aa  564  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371927 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2112  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.38 
 
 		 335 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0674973  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2024  hydrogenase expression/formation protein HypE  79.34 
 
 		 338 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2090  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.17 
 
 		 339 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1813  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.58 
 
 		 339 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2164  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.58 
 
 		 339 aa  544  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.432245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1868  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.29 
 
 		 339 aa  541  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1833  hydrogenase expression/formation protein HypE  78.38 
 
 		 338 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1880  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.22 
 
 		 338 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1905  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.22 
 
 		 338 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.224357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1912  hydrogenase expression/formation protein HypE  77.51 
 
 		 338 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0436639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2414  hydrogenase expression/formation protein HypE  76.63 
 
 		 338 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108195 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1670  hydrogenase expression/formation protein HypE  72.37 
 
 		 334 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2040  hydrogenase expression/formation protein HypE  59.58 
 
 		 335 aa  415  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1426  hydrogenase expression/formation protein HypE  58.61 
 
 		 332 aa  401  9.999999999999999e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.505922  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1095  hydrogenase expression/formation protein HypE  59.94 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0930  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.71 
 
 		 336 aa  360  1e-98  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.857823  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1890  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.87 
 
 		 330 aa  358  6e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1093  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.57 
 
 		 330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.823142  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0048  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.76 
 
 		 328 aa  341  1e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.273112  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1761  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.19 
 
 		 345 aa  330  1e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3879  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.4 
 
 		 367 aa  328  6e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.18841  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0788  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.76 
 
 		 336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.571655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1782  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.81 
 
 		 347 aa  325  5e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075887  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1640  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.96 
 
 		 345 aa  325  9e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4606  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 367 aa  323  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0140  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.9 
 
 		 333 aa  322  5e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00214828  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0655  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.9 
 
 		 324 aa  321  9.999999999999999e-87  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0729  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.9 
 
 		 324 aa  320  1.9999999999999998e-86  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.344084  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0473  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.71 
 
 		 366 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  0.610083 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1077  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.35 
 
 		 336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.26154  normal  0.1511 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1043  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 324 aa  319  5e-86  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.606873  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0725  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.36 
 
 		 347 aa  319  5e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0881  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.08 
 
 		 390 aa  317  2e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0556  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.51 
 
 		 344 aa  316  3e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0538  putative hydrogenase expression/formation protein HypE  48.24 
 
 		 348 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0797  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.97 
 
 		 368 aa  311  1e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.10297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2048  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.36 
 
 		 347 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0363  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.37 
 
 		 340 aa  306  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2524  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.15 
 
 		 342 aa  306  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.021804  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1435  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.31 
 
 		 335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00442446  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1210  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.8 
 
 		 336 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0706315 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4510  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.89 
 
 		 337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.554082  normal  0.411575 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1741  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.97 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3013  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.42 
 
 		 325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0475  hydrogenase maturation  48.82 
 
 		 356 aa  302  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254195 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1217  hydrogenase maturation factor  46.43 
 
 		 335 aa  302  5.000000000000001e-81  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.578228  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1420  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.67 
 
 		 342 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3877  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.51 
 
 		 344 aa  301  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1243  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.48 
 
 		 345 aa  301  1e-80  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2596  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.3 
 
 		 351 aa  301  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.547599  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3320  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.65 
 
 		 348 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2797  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.65 
 
 		 348 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.990811  normal  0.141163 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2656  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.15 
 
 		 341 aa  299  4e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1454  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.57 
 
 		 347 aa  298  8e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.631935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2277  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.88 
 
 		 341 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0465  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.45 
 
 		 337 aa  298  1e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.512312  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08030  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.96 
 
 		 355 aa  298  1e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3686  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.63 
 
 		 348 aa  297  1e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2439  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.61 
 
 		 337 aa  296  3e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4556  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.11 
 
 		 344 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3982  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.11 
 
 		 336 aa  292  5e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2187  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.24 
 
 		 354 aa  292  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  normal  0.295855 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3361  hypothetical protein  48.53 
 
 		 340 aa  291  7e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3018  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.82 
 
 		 336 aa  291  8e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3824  Hydrogenase maturation factor-like protein  47.76 
 
 		 446 aa  291  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.478029  normal  0.0729982 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3147  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.11 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2855  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.82 
 
 		 336 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.431476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1704  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.43 
 
 		 350 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.337224 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0959  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.52 
 
 		 336 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1164  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.41 
 
 		 352 aa  289  5.0000000000000004e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0982  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.52 
 
 		 336 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.377533 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2867  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.52 
 
 		 336 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3902  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.2 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4015  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.35 
 
 		 336 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.734576  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0975  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.87 
 
 		 352 aa  286  2.9999999999999996e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.905159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3633  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.32 
 
 		 330 aa  285  5e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3203  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.88 
 
 		 336 aa  285  5.999999999999999e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0510  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.56 
 
 		 340 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03920  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.37 
 
 		 334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2161  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.56 
 
 		 340 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal  0.073432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3750  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.48 
 
 		 355 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1093  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.91 
 
 		 333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3112  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.41 
 
 		 351 aa  282  7.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3011  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.22 
 
 		 336 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3063  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.22 
 
 		 336 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0621596 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2536  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.57 
 
 		 352 aa  280  3e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3047  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.22 
 
 		 336 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.552535  hitchhiker  0.00562137 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0800  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.71 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.835937  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0309  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.43 
 
 		 337 aa  278  8e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2980  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.93 
 
 		 336 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3168  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.93 
 
 		 336 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.707243 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2949  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.29 
 
 		 336 aa  278  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.48771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2011  hydrogenase maturation  47.15 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0305  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.35 
 
 		 341 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3795  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.27 
 
 		 352 aa  276  5e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.717086  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00620  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.28 
 
 		 340 aa  275  6e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00293327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2484  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.51 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02580  carbamoyl phosphate phosphatase, hydrogenase 3 maturation protein  48.62 
 
 		 322 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>