More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0279 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  100 
 
 
515 aa  1052    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  45.56 
 
 
487 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  45.21 
 
 
491 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  45.6 
 
 
491 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  45.54 
 
 
475 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  45.31 
 
 
464 aa  427  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  44.62 
 
 
472 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  44.75 
 
 
478 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  44.55 
 
 
475 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  44.55 
 
 
470 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  46.19 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  42.1 
 
 
504 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  43.91 
 
 
504 aa  388  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  42.61 
 
 
504 aa  388  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  42.33 
 
 
477 aa  368  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.48 
 
 
455 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.91 
 
 
455 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.83 
 
 
455 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.26 
 
 
455 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.26 
 
 
455 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.26 
 
 
461 aa  247  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.19 
 
 
453 aa  245  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.35 
 
 
465 aa  244  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.55 
 
 
477 aa  241  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.33 
 
 
487 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.39 
 
 
495 aa  238  2e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.8 
 
 
480 aa  237  3e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.62 
 
 
462 aa  237  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.46 
 
 
480 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.67 
 
 
485 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.4 
 
 
461 aa  234  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.45 
 
 
470 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.55 
 
 
465 aa  233  9e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.8 
 
 
489 aa  231  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.07 
 
 
482 aa  231  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.67 
 
 
482 aa  231  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.77 
 
 
471 aa  228  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.57 
 
 
478 aa  226  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.33 
 
 
471 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.33 
 
 
471 aa  224  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.71 
 
 
451 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  33.71 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.71 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.71 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  33.71 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.43 
 
 
451 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.89 
 
 
451 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.62 
 
 
451 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.33 
 
 
451 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.43 
 
 
468 aa  215  9.999999999999999e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.83 
 
 
483 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.12 
 
 
476 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.23 
 
 
459 aa  204  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.42 
 
 
475 aa  193  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.58 
 
 
482 aa  192  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.35 
 
 
482 aa  191  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.67 
 
 
482 aa  190  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.13 
 
 
481 aa  189  8e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.13 
 
 
482 aa  189  9e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.13 
 
 
482 aa  189  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.13 
 
 
481 aa  188  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.9 
 
 
481 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.58 
 
 
481 aa  186  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.91 
 
 
482 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.47 
 
 
481 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.78 
 
 
490 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.96 
 
 
492 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.41 
 
 
528 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
490 aa  163  8.000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.62 
 
 
473 aa  159  1e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.69 
 
 
500 aa  159  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.49 
 
 
474 aa  158  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 
430 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.97 
 
 
518 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.09 
 
 
486 aa  154  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.78 
 
 
510 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.75 
 
 
479 aa  152  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.85 
 
 
513 aa  151  3e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  26.93 
 
 
520 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.56 
 
 
494 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.11 
 
 
498 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0280  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.41 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 
517 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1497  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 
690 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 
506 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.4 
 
 
453 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3566  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 
489 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.281044  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1153  AMP-dependent synthetase and ligase  27.23 
 
 
535 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 
527 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1006  acyltransferase family protein  29.97 
 
 
811 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04628  acyl-CoA synthetase  30.81 
 
 
490 aa  139  8.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.52 
 
 
491 aa  139  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.02 
 
 
492 aa  137  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.02 
 
 
492 aa  137  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.1 
 
 
519 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 
502 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0770  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.5 
 
 
451 aa  134  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4129  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
497 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.706043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2967  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 
502 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.360291  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  26.9 
 
 
525 aa  133  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>