248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2489 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 297 aa  617  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  36.75 
 
 		 279 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  36.51 
 
 		 265 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  33.9 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  34.68 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  33.56 
 
 		 288 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  33.56 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  33.22 
 
 		 288 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  31.37 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  29.29 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  28.22 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  28.82 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 314 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  25.19 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 283 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  24.58 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  22.97 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  24.15 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  22.44 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  25.66 
 
 		 160 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  25 
 
 		 160 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  25 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  25 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  25 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  25 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  25 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  25 
 
 		 160 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  24.34 
 
 		 160 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  24.92 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  25 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  29.68 
 
 		 160 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  23.72 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  21.6 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  24.03 
 
 		 299 aa  55.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 515 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 148 aa  54.7  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  22.53 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 311 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 300 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  53.9  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  29.41 
 
 		 255 aa  53.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  23.88 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 300 aa  53.1  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 279 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 300 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  28.57 
 
 		 314 aa  52  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 436 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.17 
 
 		 289 aa  51.6  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 291 aa  51.2  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 368 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 513 aa  50.4  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 157 aa  50.4  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 144 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 300 aa  50.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 290 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>