166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2220 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  69.08 
 
 		 719 aa  1033    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  49.71 
 
 		 714 aa  703    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  100 
 
 		 716 aa  1476    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  48.86 
 
 		 712 aa  654    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  50 
 
 		 715 aa  697    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  71.59 
 
 		 708 aa  1053    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  51.29 
 
 		 714 aa  773    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  74.19 
 
 		 713 aa  1075    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  51.05 
 
 		 715 aa  689    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  41.69 
 
 		 764 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  42.56 
 
 		 726 aa  564  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  41.84 
 
 		 787 aa  558  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  41.79 
 
 		 764 aa  552  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  41.28 
 
 		 788 aa  544  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  41.06 
 
 		 749 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  41.56 
 
 		 752 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  41.32 
 
 		 764 aa  538  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  39.86 
 
 		 763 aa  520  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  41.19 
 
 		 728 aa  513  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  36.67 
 
 		 743 aa  432  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  35.88 
 
 		 884 aa  429  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  37.37 
 
 		 702 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  35.35 
 
 		 710 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  35.35 
 
 		 710 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  35.35 
 
 		 710 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  35.35 
 
 		 710 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  35.64 
 
 		 687 aa  420  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  36.7 
 
 		 715 aa  414  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  33.96 
 
 		 727 aa  412  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  34.91 
 
 		 713 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  35.95 
 
 		 703 aa  411  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  33.43 
 
 		 873 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  33.57 
 
 		 873 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  34.76 
 
 		 886 aa  402  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  35.51 
 
 		 872 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  35.78 
 
 		 692 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  32.63 
 
 		 897 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  35.75 
 
 		 681 aa  388  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  34.86 
 
 		 887 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  34.86 
 
 		 887 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  34.38 
 
 		 872 aa  380  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  32.09 
 
 		 758 aa  362  1e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  32.89 
 
 		 699 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  49.54 
 
 		 625 aa  349  1e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  32.38 
 
 		 704 aa  348  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  32.38 
 
 		 705 aa  343  7e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  32.14 
 
 		 701 aa  343  9e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  29.79 
 
 		 696 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  32.5 
 
 		 727 aa  299  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  30.81 
 
 		 480 aa  82.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.2  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 357 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.84 
 
 		 240 aa  72  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.29 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.07 
 
 		 290 aa  70.1  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1873  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.5 
 
 		 368 aa  70.1  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.71 
 
 		 368 aa  69.7  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1957  iron-sulfur cluster-binding protein  31 
 
 		 290 aa  69.7  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.42 
 
 		 229 aa  68.9  0.0000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  29.26 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.25 
 
 		 591 aa  67.8  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.64 
 
 		 294 aa  66.6  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  27.75 
 
 		 373 aa  66.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.5 
 
 		 233 aa  65.5  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  28.5 
 
 		 233 aa  65.9  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.73 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  26.36 
 
 		 389 aa  63.5  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  26.87 
 
 		 334 aa  63.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  26.57 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2869  FMN-binding domain protein  26.5 
 
 		 382 aa  62  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00242086  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1409  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.26 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  27.37 
 
 		 480 aa  60.8  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1623  membrane bound regulatory protein, putative  27.4 
 
 		 396 aa  59.7  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1007  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  26.23 
 
 		 181 aa  60.1  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.57 
 
 		 260 aa  59.3  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.42 
 
 		 288 aa  59.7  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 645 aa  58.9  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.97 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  25.47 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.41 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1000  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.64 
 
 		 321 aa  57  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  28.19 
 
 		 270 aa  57.4  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1083  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  30.15 
 
 		 368 aa  56.2  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0590058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0118  iron-sulfur cluster-binding protein  28.5 
 
 		 319 aa  56.2  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.4 
 
 		 504 aa  55.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25 
 
 		 233 aa  55.5  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.51 
 
 		 404 aa  55.5  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000637603 
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  29.41 
 
 		 572 aa  55.1  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 404 aa  55.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.41 
 
 		 335 aa  54.7  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0806  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.14 
 
 		 358 aa  54.7  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0103679  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3549  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.25 
 
 		 404 aa  54.7  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.8 
 
 		 325 aa  54.7  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>