89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1763 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1763  helix-turn-helix, HxlR type  100 
 
 		 113 aa  231  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.168632  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5094  HxlR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 115 aa  107  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.709504  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3596  putative transcriptional regulator  49.51 
 
 		 112 aa  107  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2404  HxlR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 113 aa  100  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.598252  normal  0.595258 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1054  HxlR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 129 aa  100  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1290  transcriptional regulator, HxlR family  37.84 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6227  transcriptional regulator, HxlR family  46.46 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56146  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0961  putative transcriptional regulator  42.72 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7489  transcriptional regulator, HxlR family  45.88 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3120  putative transcriptional regulator  36.78 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0075021  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1528  putative transcriptional regulator  37.97 
 
 		 107 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1972  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000001755  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1715  transcriptional regulator protein-like protein  34.83 
 
 		 154 aa  57  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118442  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1388  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 111 aa  57  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.682529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2492  putative transcriptional regulator  32.63 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3145  putative transcriptional regulator  32.63 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2054  putative transcriptional regulator  32.63 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.295818  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5059  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3142  helix-turn-helix, HxlR type  29.41 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.933421  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0879  transcriptional regulator, HxlR family  35.05 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.399174  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1315  HxlR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 163 aa  50.8  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.9488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6779  transcriptional regulator, HxlR family  29.91 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 136 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0373  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 123 aa  48.9  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0376009  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2633  transcriptional regulator, HxlR family  32.99 
 
 		 121 aa  48.9  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.895266  normal  0.749568 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3848  HxlR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.774801  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4151  HxlR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 134 aa  47.8  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0881  transcriptional regulator, HxlR family  34.02 
 
 		 122 aa  47.8  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1377  MarR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 122 aa  47.4  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0916  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 102 aa  47.4  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000825483  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3220  putative transcriptional regulator  34.48 
 
 		 164 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00911883  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1483  HxlR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 118 aa  46.2  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0639  transcriptional regulator, HxlR family  32.99 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.601638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3059  hypothetical protein  31.76 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185981  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1292  transcriptional regulator, HxlR family  28.12 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.109042  normal  0.938313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3490  HxlR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462296 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  30.12 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1179  HxlR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 137 aa  44.3  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5216  transcriptional regulator, HxlR family  29 
 
 		 152 aa  44.3  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3457  putative transcriptional regulator  28 
 
 		 226 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00952714  hitchhiker  0.00869506 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1684  transcriptional regulator, HxlR family  26.61 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0271  transcriptional regulator, HxlR family  32.97 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0843  transcriptional regulator, HxlR family  26.8 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1702  transcriptional regulator, HxlR family  26.61 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.371682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4237  transcriptional regulator, HxlR family  30.85 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.940949 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3585  transcriptional regulator, HxlR family  29.21 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000738633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1519  HxlR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2549  HxlR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4746  HxlR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4048  HxlR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 230 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2008  HxlR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 165 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3534  transcriptional regulator, HxlR family  32.22 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11742  hypothetical protein  30.95 
 
 		 236 aa  43.5  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021692  normal  0.619113 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5072  transcriptional regulator, HxlR family  29.36 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  27.91 
 
 		 118 aa  42.7  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2499  transcriptional regulator, HxlR family  26.97 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0968705  normal  0.226529 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0247  HxlR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.402556  normal  0.678764 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0075  transcriptional regulator, HxlR family  31.87 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  23 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06336  hypothetical protein  26.53 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5044  hypothetical protein  28.89 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5284  hypothetical protein  28.89 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000956827 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4874  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5315  hypothetical protein  28.89 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5360  hypothetical protein  28.89 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5302  hypothetical protein  28.89 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5428  hypothetical protein  28.89 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4889  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5643  hypothetical protein  28.89 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00272116  hitchhiker  0.0000000000000412224 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3785  transcriptional regulator, HxlR family  30 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.139955  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1947  transcriptional regulator, HxlR family  26 
 
 		 219 aa  41.2  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.450036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0615  transcriptional regulator protein-like protein  30.28 
 
 		 168 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0609  transcriptional regulator, HxlR family  34.83 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.822325  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1803  HxlR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 223 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0896859  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0906  HxlR family transcriptional regulator  25 
 
 		 116 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.278894  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1850  HxlR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 223 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.363073 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1784  HxlR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 223 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0013  HxlR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3217  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 		 170 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3369  hypothetical protein  29.9 
 
 		 111 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0346683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1405  HxlR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  31.4 
 
 		 124 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4705  transcriptional regulator, HxlR family  26.32 
 
 		 148 aa  40.4  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4233  transcriptional regulator, HxlR family  28.97 
 
 		 128 aa  40.8  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1273  HxlR family transcriptional regulator  25 
 
 		 106 aa  40.4  0.008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.866565  hitchhiker  0.0000000994853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4999  transcriptional regulator, HxlR family  28.09 
 
 		 132 aa  40.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.0407837 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  27.17 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>