278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3413 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  100 
 
 
83 aa  170  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1930  RNA-binding region RNP-1  65.06 
 
 
89 aa  115  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1536  RNP-1 like RNA-binding protein  68.35 
 
 
104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  60 
 
 
89 aa  102  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3920  RNA-binding protein  57.69 
 
 
78 aa  98.2  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0571  putative RNA binding protein  56.41 
 
 
78 aa  81.6  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001021  RNA-binding protein  54.43 
 
 
79 aa  79  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
114 aa  76.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07101  hypothetical protein  53.16 
 
 
88 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  48.75 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
90 aa  75.1  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  44.58 
 
 
90 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  73.9  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  40.7 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
89 aa  73.9  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  45.57 
 
 
107 aa  72.4  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
90 aa  71.6  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
90 aa  71.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
90 aa  70.9  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  41.18 
 
 
90 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
87 aa  70.5  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
89 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  45.45 
 
 
82 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
88 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  42.68 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  41.89 
 
 
90 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
125 aa  67.4  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
148 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  42.17 
 
 
162 aa  66.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  35.44 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
85 aa  66.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  42.17 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  41.46 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
157 aa  66.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
88 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  37.21 
 
 
95 aa  65.9  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  38.67 
 
 
91 aa  65.1  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  43.21 
 
 
88 aa  65.5  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
94 aa  64.7  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
153 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  40.54 
 
 
99 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
98 aa  63.9  0.0000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  42.67 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
86 aa  63.5  0.0000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  42.17 
 
 
154 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  41.46 
 
 
176 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
152 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
87 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  43.21 
 
 
116 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
88 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  40.24 
 
 
151 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  47.76 
 
 
241 aa  63.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
175 aa  62  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
155 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
149 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
181 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
108 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
122 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  39.02 
 
 
123 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
104 aa  61.6  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
176 aa  61.6  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  38.27 
 
 
128 aa  61.6  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
121 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  37.8 
 
 
122 aa  61.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  39.02 
 
 
140 aa  61.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
105 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
103 aa  61.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
88 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
121 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
124 aa  60.5  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  39.76 
 
 
152 aa  60.5  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  34.57 
 
 
97 aa  59.7  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86797  predicted protein  43.55 
 
 
838 aa  59.7  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.128443 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  36.14 
 
 
103 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
94 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  42.68 
 
 
115 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  39.47 
 
 
87 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
88 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
94 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  36.14 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
104 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  37.33 
 
 
89 aa  58.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
94 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  35.06 
 
 
119 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>