More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0332 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0332  putative peptide chain release factor  100 
 
 		 248 aa  515  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3456  peptide chain release factor-like protein  40.83 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0652118  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0290  peptide chain release factor-like protein  39.17 
 
 		 204 aa  158  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.127156 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3597  peptide chain release factor-like protein  40 
 
 		 207 aa  156  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2459  peptide chain release factor H  42.45 
 
 		 199 aa  155  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321859  normal  0.956081 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0349  peptide chain release factor-like protein  39.53 
 
 		 204 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0354  peptide chain release factor-like protein  38.6 
 
 		 204 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0345  peptide chain release factor-like protein  38.6 
 
 		 204 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0364  peptide chain release factor-like protein  39.53 
 
 		 204 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.429875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0356  peptide chain release factor-like protein  38.6 
 
 		 204 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000967755 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0263  peptide chain release factor-like protein  38.71 
 
 		 204 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0268  peptide chain release factor-like protein  38.71 
 
 		 204 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0233  peptide chain release factor-like protein  38.71 
 
 		 204 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72200  peptide chain release factor-like protein  41.47 
 
 		 204 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3902  peptide chain release factor H  37.07 
 
 		 218 aa  145  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4861  peptide chain release factor-like protein  36.28 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0755731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3439  peptide chain release factor-like protein  39.07 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01750  peptide chain release factor-like protein  39.35 
 
 		 207 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.132154  normal  0.46874 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3371  peptide chain release factor H  42.94 
 
 		 178 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00231  peptide chain release factor 2  41.04 
 
 		 166 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00234  hypothetical protein  41.04 
 
 		 166 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0281  peptide chain release factor-like protein  40.46 
 
 		 166 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.568314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3282  peptide chain release factor H  37.09 
 
 		 204 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434629  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7272  peptide chain release factor-like protein  34.26 
 
 		 210 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000014386  normal  0.97905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0242  peptide chain release factor-like protein  33.17 
 
 		 219 aa  125  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2039  class I peptide chain release factor  34.91 
 
 		 202 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0760  peptide chain release factor H  29.63 
 
 		 206 aa  103  4e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0245  peptide chain release factor 2  28.51 
 
 		 329 aa  89  6e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  34.76 
 
 		 280 aa  89  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2678  hypothetical protein  29.09 
 
 		 367 aa  88.2  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4010800000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3177  peptide chain release factor 2  29.22 
 
 		 375 aa  87.8  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.482998  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0194  peptide chain release factor 2  31.78 
 
 		 299 aa  87  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  34.22 
 
 		 417 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0328  peptide chain release factor 2  29.36 
 
 		 362 aa  86.3  4e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  32.81 
 
 		 349 aa  86.3  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1031  peptide chain release factor 2  30.26 
 
 		 379 aa  85.9  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.158177  normal  0.214686 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004438  peptide chain release factor 2  30.84 
 
 		 260 aa  85.1  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0982  hypothetical protein  31.31 
 
 		 364 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  32.43 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2314  peptide chain release factor 2  29.44 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00391464  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3845  peptide chain release factor 2  28.26 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0796  peptide chain release factor 2  30.65 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.570581  normal  0.0161038 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1549  peptide chain release factor 2  27.69 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2354  hypothetical protein  29.86 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  32.63 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0923  peptide chain release factor 2  30.63 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0882  peptide chain release factor 2  30.63 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.989751  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2278  peptide chain release factor 2  28.12 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  33.71 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4596  peptide chain release factor 2  29.19 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16430  peptide chain release factor 2  27.73 
 
 		 331 aa  82.4  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000953459  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0049  peptide chain release factor 2  32.07 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  32.11 
 
 		 357 aa  82.4  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1786  peptide chain release factor 2  27.43 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000314162  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  33.14 
 
 		 367 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2103  hypothetical protein  27.73 
 
 		 372 aa  82  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.117234  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2206  peptide chain release factor 2, programmed  32.09 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1242  peptide chain release factor 2  27.83 
 
 		 367 aa  82  0.000000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00779593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2722  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  32.09 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3112  peptide chain release factor 2  32.09 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.826864  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  33.14 
 
 		 367 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1479  peptide chain release factor 2, programmed  32.09 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5651  peptide chain release factor 2  28.96 
 
 		 380 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0587322 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  31.72 
 
 		 367 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  31.72 
 
 		 367 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  32.09 
 
 		 248 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2552  hypothetical protein  27.73 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1213  peptide chain release factor 2  27.36 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166431  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2206  hypothetical protein  26.18 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1153  peptide chain release factor 2  32.09 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449488  normal  0.0907567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  32.62 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  32.09 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2533  peptide chain release factor 2  28.51 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1172  peptide chain release factor 2  29.86 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.073088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5351  peptide chain release factor 2  28.96 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  32.09 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3429  peptide chain release factor 2  30.37 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00883546 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5293  peptide chain release factor 2  28.51 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00959  hypothetical protein  29.44 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4867  peptide chain release factor 2  28.51 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4882  peptide chain release factor 2  28.51 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0397  peptide chain release factor 2  29.25 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  32.97 
 
 		 391 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3194  hypothetical protein  28.18 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  29.25 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5276  peptide chain release factor 2  28.51 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.438705 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0721  hypothetical protein  29.22 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0365  peptide chain release factor 2  29.49 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0360  peptide chain release factor 2  29.61 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2274  peptide chain release factor 2  30.73 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1303  LigA  29.69 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.082327 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0939  hypothetical protein  28.31 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  32.97 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  32.97 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  32.97 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0805  peptide chain release factor 1  29.25 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0675137  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5037  peptide chain release factor 2  28.77 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0648  peptide chain release factor 2  29.28 
 
 		 365 aa  79.3  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02723  peptide chain release factor 2  28.83 
 
 		 365 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139498  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3024  peptide chain release factor 2  28.83 
 
 		 365 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>