More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1172 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1172  peptide chain release factor 2  100 
 
 		 375 aa  769    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.073088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1856  peptide chain release factor 2  82.21 
 
 		 375 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1623  peptide chain release factor 2  82.21 
 
 		 375 aa  630  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.622299  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2977  peptide chain release factor 2  82.21 
 
 		 375 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1815  peptide chain release factor 2  81.6 
 
 		 402 aa  629  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2533  peptide chain release factor 2  80.27 
 
 		 375 aa  602  1.0000000000000001e-171  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0868  peptide chain release factor 2  77.33 
 
 		 374 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6050  hypothetical protein  59.84 
 
 		 375 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0534782  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2731  hypothetical protein  59.56 
 
 		 376 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2314  peptide chain release factor 2  58.58 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00391464  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1396  peptide chain release factor 2  61.48 
 
 		 376 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0145542  normal  0.663768 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0912  peptide chain release factor 2  57.65 
 
 		 375 aa  435  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.779276  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0721  hypothetical protein  57.65 
 
 		 376 aa  435  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1305  peptide chain release factor 2  60.93 
 
 		 376 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0721349 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2575  peptide chain release factor 2  59.65 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3845  peptide chain release factor 2  60.33 
 
 		 375 aa  431  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0939  hypothetical protein  57.65 
 
 		 376 aa  431  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0804  peptide chain release factor 2  57.77 
 
 		 376 aa  427  1e-118  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3177  peptide chain release factor 2  58.31 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.482998  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1799  peptide chain release factor 2  62.01 
 
 		 344 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0961  peptide chain release factor 2  64.22 
 
 		 342 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  hitchhiker  0.00626958 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3275  peptide chain release factor 2  66.77 
 
 		 322 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.314712  normal  0.99195 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1707  peptide chain release factor 2  60.56 
 
 		 322 aa  401  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2040  peptide chain release factor 2  61.22 
 
 		 322 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3166  peptide chain release factor 2  62.5 
 
 		 321 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1686  peptide chain release factor 2  59.56 
 
 		 323 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3208  peptide chain release factor 2  61.78 
 
 		 321 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.760596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2982  peptide chain release factor 2  61.78 
 
 		 321 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186364  normal  0.52884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1825  peptide chain release factor 2  60.9 
 
 		 322 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5845  peptide chain release factor 2  62.18 
 
 		 321 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.417863  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4200  peptide chain release factor 2  61.15 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1715  peptide chain release factor 2  60.19 
 
 		 322 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.833664  normal  0.278616 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5077  peptide chain release factor 2  62.18 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  0.0341665 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3006  peptide chain release factor 2  61.86 
 
 		 322 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.743846  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2265  peptide chain release factor 2  58.65 
 
 		 321 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2445  peptide chain release factor 2  60.9 
 
 		 322 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.689282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1031  peptide chain release factor 2  51.09 
 
 		 379 aa  382  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.158177  normal  0.214686 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2678  hypothetical protein  49.17 
 
 		 367 aa  379  1e-104  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4010800000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02723  peptide chain release factor 2  51.97 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139498  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0801  hypothetical protein  51.97 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000691536  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2851  peptide chain release factor 2  60.26 
 
 		 322 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0818  peptide chain release factor 2  51.97 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3024  peptide chain release factor 2  51.97 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3050  peptide chain release factor 2  51.69 
 
 		 365 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  50.27 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  50.27 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  51.75 
 
 		 391 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1461  peptide chain release factor 2  50.28 
 
 		 364 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4671  peptide chain release factor 2  57.37 
 
 		 322 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0648  peptide chain release factor 2  50.56 
 
 		 365 aa  364  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  50 
 
 		 367 aa  363  2e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0604  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  50.28 
 
 		 365 aa  363  2e-99  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3423  hypothetical protein  50.56 
 
 		 365 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0838102  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  51.46 
 
 		 406 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3297  hypothetical protein  50.56 
 
 		 365 aa  363  3e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1963  peptide chain release factor 2  50.94 
 
 		 367 aa  362  6e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  50.88 
 
 		 391 aa  362  9e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  50.88 
 
 		 391 aa  361  9e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  50.88 
 
 		 391 aa  362  9e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  49.73 
 
 		 459 aa  361  1e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0864  peptide chain release factor 2  50 
 
 		 365 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0796  peptide chain release factor 2  51.17 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.570581  normal  0.0161038 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0421  hypothetical protein  52.07 
 
 		 365 aa  357  9.999999999999999e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0882  peptide chain release factor 2  49.44 
 
 		 365 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.989751  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  50.56 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  50.28 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4083  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  49.44 
 
 		 365 aa  355  5.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.963626  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3371  peptide chain release factor 2  51.76 
 
 		 378 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0518428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  50.88 
 
 		 357 aa  354  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0982  hypothetical protein  50.89 
 
 		 364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  51.46 
 
 		 349 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  48.41 
 
 		 349 aa  352  5e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  49.12 
 
 		 349 aa  352  5e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  50.58 
 
 		 347 aa  352  5e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1299  peptide chain release factor 2  58.04 
 
 		 321 aa  352  7e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0921443  normal  0.567483 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  49.12 
 
 		 359 aa  351  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1248  peptide chain release factor 2  46.13 
 
 		 367 aa  350  2e-95  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.631536  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1437  peptide chain release factor 2  51.18 
 
 		 382 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  49.71 
 
 		 357 aa  349  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3194  hypothetical protein  49.58 
 
 		 367 aa  348  6e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0705  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  47.04 
 
 		 366 aa  348  6e-95  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  50 
 
 		 417 aa  348  6e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0350  peptide chain release factor 2  49.7 
 
 		 335 aa  347  1e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  48.27 
 
 		 367 aa  348  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2248  hypothetical protein  48.06 
 
 		 367 aa  347  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1356  peptide chain release factor 2  47.38 
 
 		 369 aa  347  3e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0131185  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0020  peptide chain release factor 2  48.07 
 
 		 375 aa  346  3e-94  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00724435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2758  peptide chain release factor 2  48.06 
 
 		 367 aa  347  3e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3258  hypothetical protein  47.65 
 
 		 371 aa  345  6e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16510  putative peptide chain release factor 2  51.98 
 
 		 332 aa  345  7e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  50.59 
 
 		 349 aa  345  8e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  50.3 
 
 		 349 aa  345  8.999999999999999e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  48.83 
 
 		 355 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1310  peptide chain release factor 2  52.16 
 
 		 329 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.496606  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0725  peptide chain release factor 2  50.46 
 
 		 332 aa  343  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2366  peptide chain release factor 2  50.44 
 
 		 364 aa  342  5e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0479  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  47.66 
 
 		 365 aa  342  5e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2844  peptide chain release factor 2  50.61 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.247067 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1620  peptide chain release factor 2  49.58 
 
 		 366 aa  340  2e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00133375  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1823  peptide chain release factor 2  50.14 
 
 		 374 aa  340  2e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.366518  normal  0.288697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>