More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3024 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02723  peptide chain release factor 2  100 
 
 
365 aa  750    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139498  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0801  hypothetical protein  99.73 
 
 
365 aa  749    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000691536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3050  peptide chain release factor 2  99.73 
 
 
365 aa  747    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0648  peptide chain release factor 2  91.23 
 
 
365 aa  697    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3423  hypothetical protein  91.78 
 
 
365 aa  699    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0838102  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0818  peptide chain release factor 2  100 
 
 
365 aa  750    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3024  peptide chain release factor 2  100 
 
 
365 aa  750    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0864  peptide chain release factor 2  90.96 
 
 
365 aa  693    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0882  peptide chain release factor 2  89.04 
 
 
365 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.989751  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3297  hypothetical protein  89.86 
 
 
365 aa  692    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0923  peptide chain release factor 2  88.39 
 
 
310 aa  579  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3420  hypothetical protein  75.62 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4083  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  72.6 
 
 
365 aa  569  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.963626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0939  hypothetical protein  73.97 
 
 
365 aa  567  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0179192  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3297  peptide chain release factor 2  78.84 
 
 
352 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3050  peptide chain release factor 2  79.13 
 
 
352 aa  556  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1461  peptide chain release factor 2  73.35 
 
 
364 aa  555  1e-157  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0826  peptide chain release factor 2  78.55 
 
 
352 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0335049 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3197  peptide chain release factor 2  78.55 
 
 
352 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.710234  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2878  peptide chain release factor 2  77.16 
 
 
364 aa  552  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3615  peptide chain release factor 2  76.59 
 
 
352 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3492  peptide chain release factor 2  76.01 
 
 
352 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0872  peptide chain release factor 2  76.01 
 
 
352 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0302  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  72.6 
 
 
365 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0421  hypothetical protein  69.86 
 
 
365 aa  538  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3128  peptide chain release factor 2  75.94 
 
 
352 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0150596  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0982  hypothetical protein  70.88 
 
 
364 aa  535  1e-151  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3429  peptide chain release factor 2  75.77 
 
 
329 aa  534  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00883546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0840  peptide chain release factor 2  74.93 
 
 
352 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1823  peptide chain release factor 2  69.59 
 
 
374 aa  525  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.366518  normal  0.288697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0194  peptide chain release factor 2  81.27 
 
 
299 aa  522  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109294  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  69.97 
 
 
349 aa  508  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  69.39 
 
 
349 aa  504  9.999999999999999e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1216  peptide chain release factor 2  69.94 
 
 
347 aa  504  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000777998  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1360  peptide chain release factor 2  76.09 
 
 
348 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0582  peptide chain release factor 2  74.38 
 
 
320 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3371  peptide chain release factor 2  69.39 
 
 
378 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0518428  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0725  peptide chain release factor 2  71.82 
 
 
332 aa  499  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159955  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0479  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  63.84 
 
 
365 aa  499  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1742  hypothetical protein  75.6 
 
 
335 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  62.98 
 
 
459 aa  495  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0796  peptide chain release factor 2  67.64 
 
 
354 aa  495  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.570581  normal  0.0161038 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1805  peptide chain release factor 2  71.01 
 
 
354 aa  494  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  63.26 
 
 
367 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  63.26 
 
 
367 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1963  peptide chain release factor 2  65.65 
 
 
367 aa  493  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1742  hypothetical protein  75 
 
 
335 aa  490  1e-137  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0811  peptide chain release factor 2  78.16 
 
 
293 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  62.98 
 
 
367 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2271  peptide chain release factor 2  75.81 
 
 
310 aa  489  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1437  peptide chain release factor 2  62.77 
 
 
382 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0793  peptide chain release factor 2  69.7 
 
 
331 aa  484  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  64.09 
 
 
367 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  63.81 
 
 
367 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0838  peptide chain release factor 2  69.23 
 
 
325 aa  483  1e-135  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.725639 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  66.47 
 
 
349 aa  482  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  65.32 
 
 
357 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02770  Protein chain release factor B, RF-2  82.62 
 
 
282 aa  474  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0501014  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0756  peptide chain release factor 2  75.43 
 
 
293 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.393199  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  65.31 
 
 
357 aa  475  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16510  putative peptide chain release factor 2  68.79 
 
 
332 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004438  peptide chain release factor 2  82.69 
 
 
260 aa  472  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2248  hypothetical protein  62.71 
 
 
367 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  63.85 
 
 
391 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  63.85 
 
 
391 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  63.85 
 
 
391 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  63.56 
 
 
406 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2758  peptide chain release factor 2  62.71 
 
 
367 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  63.85 
 
 
391 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00959  hypothetical protein  82.69 
 
 
260 aa  471  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  61.16 
 
 
367 aa  467  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  63.56 
 
 
359 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  63.56 
 
 
355 aa  461  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4227  peptide chain release factor 2  71.29 
 
 
304 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358427  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  62.39 
 
 
417 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1310  peptide chain release factor 2  65.05 
 
 
329 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.496606  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4122  peptide chain release factor 2  71.29 
 
 
304 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00072  peptide chain release factor 2  67.81 
 
 
329 aa  455  1e-127  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  65.64 
 
 
338 aa  455  1e-127  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  60.06 
 
 
349 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3265  peptide chain release factor 2  62.39 
 
 
386 aa  448  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  hitchhiker  0.000000190914 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1476  peptide chain release factor 2  82.69 
 
 
260 aa  450  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0780074  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  60.64 
 
 
349 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2844  peptide chain release factor 2  63.69 
 
 
325 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.247067 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2274  peptide chain release factor 2  65.16 
 
 
310 aa  442  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  60.93 
 
 
347 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1100  peptide chain release factor 2  71.62 
 
 
304 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1151  peptide chain release factor 2  60.64 
 
 
381 aa  437  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0049  peptide chain release factor 2  71.03 
 
 
291 aa  434  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39400  peptide chain release factor 2  70.71 
 
 
280 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0397  peptide chain release factor 2  67.92 
 
 
302 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  66.32 
 
 
300 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1059  peptide chain release factor 2  69.64 
 
 
280 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.304083  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1500  hypothetical protein  65.53 
 
 
293 aa  411  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  65 
 
 
280 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1645  peptide chain release factor 2  74.52 
 
 
289 aa  398  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1766  peptide chain release factor 2  62 
 
 
300 aa  395  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1847  peptide chain release factor 2  62.33 
 
 
300 aa  393  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2575  peptide chain release factor 2  52.53 
 
 
367 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  69.35 
 
 
248 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>