More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1781 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  98.99 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  98.99 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  98.99 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  99.33 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  98.99 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  98.99 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  98.65 
 
 		 297 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  83.84 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  83.84 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  83.84 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  83.84 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  83.84 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  83.11 
 
 		 297 aa  501  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  58.97 
 
 		 304 aa  365  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  59.52 
 
 		 298 aa  360  1e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  59.72 
 
 		 298 aa  359  4e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  57.93 
 
 		 304 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  59.65 
 
 		 304 aa  345  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  59.65 
 
 		 304 aa  345  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  60.35 
 
 		 302 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  54.17 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 298 aa  279  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 299 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.35 
 
 		 296 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 299 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  43.68 
 
 		 306 aa  237  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  43.68 
 
 		 306 aa  237  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 308 aa  236  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 308 aa  236  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 294 aa  228  9e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 302 aa  225  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 307 aa  211  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  45.59 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.91 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 298 aa  198  7e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.07 
 
 		 292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  38.33 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  38.33 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  38.33 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  42.75 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.75 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  38.33 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40.07 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  39.25 
 
 		 312 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>