More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0506 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  100 
 
 		 309 aa  645    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  70.96 
 
 		 305 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  70.07 
 
 		 305 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  69.31 
 
 		 303 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  69.28 
 
 		 305 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  69.28 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  68.98 
 
 		 308 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  67.43 
 
 		 305 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  68.32 
 
 		 308 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  64.78 
 
 		 312 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  62.14 
 
 		 326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  61.39 
 
 		 312 aa  388  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  58.82 
 
 		 306 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  59.02 
 
 		 312 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  55.03 
 
 		 313 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  51.75 
 
 		 303 aa  310  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  45.8 
 
 		 293 aa  268  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  46.13 
 
 		 293 aa  264  1e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  45.1 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  43.71 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  42.05 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  41.5 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  42.42 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  42.09 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  43.28 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  39.79 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 313 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  41.58 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.52 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  41.75 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  40.29 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  35 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  36.27 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  37.46 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.48 
 
 		 348 aa  172  9e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  36.18 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  41.83 
 
 		 206 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  37.22 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  37.98 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.86 
 
 		 254 aa  139  6e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.16 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.2 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  24.32 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  26.97 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.62 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  28.35 
 
 		 315 aa  89.4  6e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  33.18 
 
 		 211 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  27.4 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  33.18 
 
 		 211 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  24.73 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 211 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  28.43 
 
 		 541 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  29.2 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.48 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  33.52 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 578 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 239 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.89 
 
 		 227 aa  79  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  29.36 
 
 		 560 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  30 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  33.2 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  26.46 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  26.46 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  28.86 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  25.88 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  32.86 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  25.26 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  31.92 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  26.46 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  29.28 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.66 
 
 		 348 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  28.7 
 
 		 283 aa  75.5  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  31.46 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  30.95 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.22 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 216 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>