More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2296 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2296  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 206 aa  421  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1952  riboflavin synthase subunit alpha  95.63 
 
 		 206 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000576135  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2024  riboflavin synthase subunit alpha  95.15 
 
 		 206 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0115302  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2040  riboflavin synthase subunit alpha  95.63 
 
 		 206 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000661862  normal  0.015006 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2020  riboflavin synthase subunit alpha  90.78 
 
 		 209 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.025182  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2333  riboflavin synthase subunit alpha  89.16 
 
 		 207 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0365218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2181  riboflavin synthase subunit alpha  89.16 
 
 		 207 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000128558  normal  0.0219696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2225  riboflavin synthase subunit alpha  89.16 
 
 		 207 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00109556  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2145  riboflavin synthase subunit alpha  88.18 
 
 		 207 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110513  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2495  riboflavin synthase subunit alpha  79.31 
 
 		 204 aa  334  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634088  hitchhiker  0.00287874 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2267  riboflavin synthase subunit alpha  78.82 
 
 		 205 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00496217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2118  riboflavin synthase subunit alpha  78.11 
 
 		 210 aa  330  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00247576  normal  0.0673441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2036  riboflavin synthase subunit alpha  77.72 
 
 		 203 aa  327  7e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357361  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2030  riboflavin synthase subunit alpha  71.14 
 
 		 204 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1703  riboflavin synthase subunit alpha  69.15 
 
 		 204 aa  284  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.043412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1762  riboflavin synthase subunit alpha  66.17 
 
 		 202 aa  275  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.117708  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2674  riboflavin synthase subunit alpha  55.45 
 
 		 211 aa  213  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1917  riboflavin synthase subunit alpha  52.91 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1559  riboflavin synthase subunit alpha  53.43 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1522  riboflavin synthase subunit alpha  52.91 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.301438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1748  riboflavin synthase subunit alpha  52.91 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000886899  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1536  riboflavin synthase subunit alpha  52.91 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1713  riboflavin synthase subunit alpha  53.23 
 
 		 217 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2390  riboflavin synthase subunit alpha  55.45 
 
 		 211 aa  211  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1681  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 		 216 aa  211  7.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.665855  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2375  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  211  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00364593  normal  0.0367503 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01633  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1978  riboflavin synthase, alpha subunit  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000209039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1535  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0455024  hitchhiker  0.00124186 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01623  hypothetical protein  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1860  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000205404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1742  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000343227  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1876  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1967  riboflavin synthase subunit alpha  52.66 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.756733  hitchhiker  0.00000222488 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1784  riboflavin synthase subunit alpha  52.97 
 
 		 212 aa  208  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999549 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1383  riboflavin synthase subunit alpha  54.41 
 
 		 203 aa  208  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.850296  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02237  riboflavin synthase subunit alpha  52.24 
 
 		 203 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2190  riboflavin synthase subunit alpha  52.76 
 
 		 216 aa  203  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00893234  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1751  riboflavin synthase subunit alpha  51.98 
 
 		 218 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311618  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003523  lumazine protein  52.74 
 
 		 203 aa  202  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.942929  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1857  riboflavin synthase subunit alpha  51.98 
 
 		 218 aa  201  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2577  riboflavin synthase subunit alpha  51.98 
 
 		 218 aa  201  9e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0812  riboflavin synthase subunit alpha  49.01 
 
 		 202 aa  194  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1940  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 205 aa  190  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2099  riboflavin synthase subunit alpha  47.26 
 
 		 204 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2867  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.999273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2115  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.757101  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0087  riboflavin synthase subunit alpha  45.81 
 
 		 207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0316788  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2113  riboflavin synthase subunit alpha  44.17 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2775  riboflavin synthase subunit alpha  41.41 
 
 		 209 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2916  riboflavin synthase subunit alpha  41.41 
 
 		 209 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4731  riboflavin synthase subunit alpha  43.43 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1243  riboflavin synthase, alpha subunit  43.41 
 
 		 210 aa  161  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1865  riboflavin synthase subunit alpha  41.55 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.470997  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3429  riboflavin synthase subunit alpha  41.63 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5723  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 234 aa  159  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4077  riboflavin synthase subunit alpha  41.63 
 
 		 238 aa  158  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.578538 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3144  riboflavin synthase subunit alpha  40.38 
 
 		 236 aa  155  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4434  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.563917  normal  0.0752647 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3729  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  0.402908 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4568  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3795  riboflavin synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2300  riboflavin synthase subunit alpha  38.28 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.745499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8148  predicted protein  42.55 
 
 		 188 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.564807  normal  0.0620362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3686  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0704066  normal  0.536312 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5522  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189133  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1078  riboflavin synthase subunit alpha  39.42 
 
 		 205 aa  142  5e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  39.5 
 
 		 199 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  39.13 
 
 		 213 aa  131  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3865  riboflavin synthase, alpha subunit  38.31 
 
 		 198 aa  129  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478326 
 
 
-
 
NC_002620  TC0685  riboflavin synthase subunit alpha  37.13 
 
 		 198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  39.13 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  40.11 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  37.75 
 
 		 219 aa  125  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  36.76 
 
 		 218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  36.76 
 
 		 218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18150  riboflavin synthase, alpha subunit  37.93 
 
 		 200 aa  125  6e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  37.25 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15720  riboflavin synthase, alpha subunit  38.59 
 
 		 208 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  41.21 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0177  riboflavin synthase subunit alpha  36.22 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.767417  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  35.82 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  38.62 
 
 		 203 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1073  riboflavin synthase subunit alpha  37.5 
 
 		 215 aa  122  5e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0937  riboflavin synthase, alpha subunit  36.82 
 
 		 217 aa  121  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  36 
 
 		 200 aa  121  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  37.25 
 
 		 214 aa  121  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0021  riboflavin synthase, alpha subunit  38.31 
 
 		 207 aa  121  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1187  riboflavin synthase subunit alpha  36.65 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  37.19 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  38.5 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  37.31 
 
 		 221 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  36.96 
 
 		 220 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1750  riboflavin synthase, alpha subunit  37.5 
 
 		 213 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.206972  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  38.81 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10000  riboflavin synthase, alpha subunit  36.06 
 
 		 215 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  36.36 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  37.84 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  37.84 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2602  riboflavin synthase, alpha subunit  36.02 
 
 		 205 aa  119  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>