More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2115 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2115  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 205 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.757101  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2867  riboflavin synthase subunit alpha  89.22 
 
 		 209 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.999273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2916  riboflavin synthase subunit alpha  87.75 
 
 		 209 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2775  riboflavin synthase subunit alpha  87.75 
 
 		 209 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2333  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0365218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2181  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000128558  normal  0.0219696 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1865  riboflavin synthase subunit alpha  46.12 
 
 		 218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.470997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2225  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 207 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00109556  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1940  riboflavin synthase subunit alpha  43.88 
 
 		 205 aa  181  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02237  riboflavin synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 203 aa  181  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2145  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 		 207 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110513  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1784  riboflavin synthase subunit alpha  45.59 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999549 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2020  riboflavin synthase subunit alpha  42.16 
 
 		 209 aa  178  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.025182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2267  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 205 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00496217  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003523  lumazine protein  44.5 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.942929  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2030  riboflavin synthase subunit alpha  45.1 
 
 		 204 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01633  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1978  riboflavin synthase, alpha subunit  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000209039  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1967  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.756733  hitchhiker  0.00000222488 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2375  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00364593  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1860  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000205404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01623  hypothetical protein  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1535  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0455024  hitchhiker  0.00124186 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1742  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000343227  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1876  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224926  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2190  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 		 216 aa  174  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00893234  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2118  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 210 aa  174  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00247576  normal  0.0673441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2674  riboflavin synthase subunit alpha  44.61 
 
 		 211 aa  174  9e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2495  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 204 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634088  hitchhiker  0.00287874 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1751  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311618  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1748  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000886899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1952  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 206 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000576135  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2024  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 206 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0115302  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2040  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 206 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000661862  normal  0.015006 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1917  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1522  riboflavin synthase subunit alpha  44.28 
 
 		 213 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.301438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1559  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 		 213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1536  riboflavin synthase subunit alpha  44.22 
 
 		 213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2113  riboflavin synthase subunit alpha  43.2 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2296  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1713  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 		 217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2390  riboflavin synthase subunit alpha  44.61 
 
 		 211 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1857  riboflavin synthase subunit alpha  43.72 
 
 		 218 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2577  riboflavin synthase subunit alpha  43.72 
 
 		 218 aa  169  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1703  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 204 aa  168  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.043412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1681  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 		 216 aa  167  8e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.665855  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5723  riboflavin synthase subunit alpha  43 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2036  riboflavin synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357361  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2099  riboflavin synthase subunit alpha  42.5 
 
 		 204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0812  riboflavin synthase subunit alpha  43.22 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1762  riboflavin synthase subunit alpha  43.5 
 
 		 202 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.117708  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1383  riboflavin synthase subunit alpha  41.41 
 
 		 203 aa  161  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.850296  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3729  riboflavin synthase subunit alpha  41.75 
 
 		 237 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  0.402908 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4568  riboflavin synthase subunit alpha  41.75 
 
 		 237 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3795  riboflavin synthase subunit alpha  41.75 
 
 		 237 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5522  riboflavin synthase subunit alpha  41.26 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189133  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3686  riboflavin synthase subunit alpha  41.26 
 
 		 237 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0704066  normal  0.536312 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2300  riboflavin synthase subunit alpha  39.32 
 
 		 237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.745499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3429  riboflavin synthase subunit alpha  39.61 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4077  riboflavin synthase subunit alpha  39.61 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.578538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4731  riboflavin synthase subunit alpha  39.02 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0087  riboflavin synthase subunit alpha  37.69 
 
 		 207 aa  150  1e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0316788  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3144  riboflavin synthase subunit alpha  39.81 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1243  riboflavin synthase, alpha subunit  36.95 
 
 		 210 aa  145  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4434  riboflavin synthase subunit alpha  35.27 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.563917  normal  0.0752647 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8148  predicted protein  40.31 
 
 		 188 aa  134  7.000000000000001e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.564807  normal  0.0620362 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1273  riboflavin synthase subunit alpha  37.86 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.373271  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2602  riboflavin synthase, alpha subunit  34.95 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  33.33 
 
 		 214 aa  125  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1078  riboflavin synthase subunit alpha  37.31 
 
 		 205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0177  riboflavin synthase subunit alpha  32.07 
 
 		 210 aa  125  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.767417  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  35.47 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1875  riboflavin synthase subunit alpha  35.35 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2996  riboflavin synthase, alpha subunit  34.18 
 
 		 202 aa  122  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.427798  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  32.83 
 
 		 214 aa  122  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0937  riboflavin synthase, alpha subunit  33.33 
 
 		 217 aa  122  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  34.85 
 
 		 217 aa  122  5e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2809  riboflavin synthase subunit alpha  33.7 
 
 		 214 aa  121  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  34.34 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  34.78 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  33.84 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  33.84 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  33.84 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  33.84 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  32.5 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2809  riboflavin synthase subunit alpha  33.15 
 
 		 214 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.352562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  35.35 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10000  riboflavin synthase, alpha subunit  33.17 
 
 		 215 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  34.95 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  34.05 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  33.33 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2833  riboflavin synthase subunit alpha  35.87 
 
 		 215 aa  118  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.226498  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2925  riboflavin synthase subunit alpha  35.87 
 
 		 215 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  34.78 
 
 		 218 aa  117  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  34.78 
 
 		 218 aa  117  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18150  riboflavin synthase, alpha subunit  35.96 
 
 		 200 aa  117  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  34.85 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  35.33 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1765  riboflavin synthase, alpha subunit  34.47 
 
 		 214 aa  115  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  33.33 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>