45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1552 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2985  TPR repeat-containing protein  69.03 
 
 		 720 aa  1031    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.898664  hitchhiker  0.0000903507 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2883  TPR repeat-containing protein  83.33 
 
 		 720 aa  1228    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.897775  decreased coverage  0.00000211929 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1374  TPR repeat-containing protein  69.31 
 
 		 720 aa  1031    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2781  TPR repeat-containing protein  83.89 
 
 		 720 aa  1248    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.416452  hitchhiker  0.00227805 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2713  TPR repeat-containing protein  83.89 
 
 		 720 aa  1246    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.274552  hitchhiker  0.0000574617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1292  TPR repeat-containing protein  72.48 
 
 		 723 aa  1085    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1360  TPR repeat-containing protein  69.03 
 
 		 720 aa  1029    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1399  TPR repeat-containing protein  69.03 
 
 		 720 aa  1031    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.405164  decreased coverage  0.00313663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1552  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 720 aa  1483    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3308  TPR repeat-containing protein  40.06 
 
 		 718 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128236  hitchhiker  0.000709516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2555  TPR repeat-containing protein  40.28 
 
 		 736 aa  499  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00405398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2773  TPR repeat-containing protein  41.03 
 
 		 718 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3457  TPR repeat-containing protein  40.03 
 
 		 714 aa  485  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000557237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2753  TPR repeat-containing protein  40.25 
 
 		 718 aa  475  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0197782 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2417  TPR domain-containing protein  39.97 
 
 		 716 aa  466  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.614244  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2973  tetratricopeptide domain-containing protein  37.57 
 
 		 723 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.128138  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.51 
 
 		 991 aa  67.8  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  24.07 
 
 		 1060 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  26.44 
 
 		 695 aa  63.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  24.51 
 
 		 957 aa  61.6  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  25.68 
 
 		 1550 aa  60.8  0.00000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  29.89 
 
 		 2145 aa  60.1  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 		 714 aa  59.3  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0229  histidine kinase  34.78 
 
 		 724 aa  58.5  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0610831  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  25.38 
 
 		 1404 aa  57.8  0.0000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0697  hypothetical protein  23.58 
 
 		 743 aa  56.6  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.419028  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  27.59 
 
 		 809 aa  56.2  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  24.4 
 
 		 828 aa  54.3  0.000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.33 
 
 		 1279 aa  52  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.05 
 
 		 636 aa  51.6  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  18.95 
 
 		 782 aa  50.8  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 1025 aa  50.4  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1261 aa  50.1  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  21.43 
 
 		 1238 aa  49.7  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  22.6 
 
 		 412 aa  49.3  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0283  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 854 aa  48.5  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  26.53 
 
 		 928 aa  47.8  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  23.9 
 
 		 628 aa  47.8  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3041  tetratricopeptide TPR_4  26.42 
 
 		 890 aa  47.8  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 1048 aa  47.4  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0423  hypothetical protein  29.06 
 
 		 753 aa  45.8  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  19.39 
 
 		 1313 aa  45.1  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3413  histidine kinase internal region  24.16 
 
 		 671 aa  44.7  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.22 
 
 		 852 aa  44.3  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  21.17 
 
 		 650 aa  44.3  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>