More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1796 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1796  lactose phosphotransferase system repressor  100 
 
 
251 aa  512  1e-144  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2227  DeoR family transcriptional regulator  71.6 
 
 
263 aa  387  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2266  lactose phosphotransferase system repressor  71.6 
 
 
263 aa  387  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1936  lactose phosphotransferase system repressor  46.27 
 
 
258 aa  201  9e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.673749  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D07  lactose transport regulator  45.15 
 
 
255 aa  194  1e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0073  transcriptional regulator, DeoR family  42.04 
 
 
249 aa  175  6e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0491  lactose transport regulator  37.93 
 
 
254 aa  164  9e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3388  transcriptional regulator, DeoR family  36.09 
 
 
248 aa  159  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000207946  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3454  transcriptional regulator, DeoR family  36.8 
 
 
252 aa  154  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0321  transcriptional regulator, DeoR family  35.6 
 
 
252 aa  150  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571989  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0039  transcriptional regulator, DeoR family  36.21 
 
 
247 aa  146  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000112771  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  36.55 
 
 
250 aa  144  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
249 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  33.73 
 
 
256 aa  132  5e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  33.87 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3565  DeoR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
250 aa  129  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  33.87 
 
 
250 aa  129  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
250 aa  129  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0552  transcription repressor of fructose operon fruR  37.14 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
250 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
250 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1031  lactose transport regulator  38.05 
 
 
233 aa  124  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.227139  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  33.98 
 
 
267 aa  122  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03274  DNA-binding transcriptional repressor  34.89 
 
 
252 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.324101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03226  hypothetical protein  34.89 
 
 
252 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.347967  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  32.3 
 
 
255 aa  121  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3790  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.04 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3724  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.04 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3898  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3715  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.04 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3702  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4730  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2651  transcriptional regulator, DeoR family  32.39 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3831  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.04 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3893  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.04 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0291  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3804  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  34.8 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3620  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1348  lactose phosphotransferase system repressor  31.6 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3832  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  34.47 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.365514  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0291  transcriptional regulator, DeoR family  34.47 
 
 
252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0995  transcriptional regulator, DeoR family  31.52 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103879  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  31.37 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3725  transcriptional regulator, DeoR family  33.88 
 
 
276 aa  116  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
266 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0196  DeoR-family transcriptional regulator  32.11 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.841984  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0179  DeoR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0180  DeoR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.214924  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0188  DeoR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.333156  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  31.06 
 
 
257 aa  113  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  32.64 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  31.38 
 
 
256 aa  113  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 
252 aa  113  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  30.21 
 
 
257 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03314  transcriptional regulator  31.4 
 
 
263 aa  113  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  30.38 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7919  transcriptional regulator, DeoR family  30.8 
 
 
267 aa  112  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0313  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  32.34 
 
 
252 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0183  DeoR-family transcriptional regulator  31.71 
 
 
255 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.341023  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4606  DeoR family regulatory protein  32.77 
 
 
252 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.337997  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4407  DeoR family regulatory protein  32.77 
 
 
252 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  30.08 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.91 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723341  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4102  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4269  DeoR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03718  hypothetical protein  31.91 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.658927  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5331  transcriptional regulator, DeoR/GntR family  31.91 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.464213 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4532  DeoR family regulatory protein  32.77 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.194057  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002674  glycerol-3-phosphate regulon repressor DeoR family  30.99 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  30.59 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4407  DeoR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
261 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4303  glycerol-3-phosphate regulon repressor  31.49 
 
 
267 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.922526  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4349  glycerol-3-phosphate regulon repressor  31.49 
 
 
267 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1687  DeoR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
269 aa  109  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00757243  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4258  glycerol-3-phosphate regulon repressor  31.49 
 
 
267 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4236  glycerol-3-phosphate regulon repressor  31.49 
 
 
267 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627699  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4414  glycerol-3-phosphate regulon repressor  31.49 
 
 
267 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1728  lactose transport regulator  32.48 
 
 
252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3260  transcriptional regulator, DeoR family  31.6 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0117274  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5367  transcriptional regulator, DeoR family  34.88 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.35499 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  31.12 
 
 
260 aa  109  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
259 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.12978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>